基因组序列注释功能基因组学资料.pptVIP

PCR检测法 根据目标基因和T-DNA（或转座子）的序列设计一对引物，则仅当T-DNA （或转座子）插入到目标基因中间时，才能得到PCR产物。因此，能得到PCR产物的株系即为该目标基因的插入突变体。 COLLEGE OF LIFE SCIENCE 分子杂交检测法 对所有株系进行反向PCR（IPCR），然后将各株系IPCR的产物按阵列形式固定在尼龙膜或玻璃片上，再以各个待测基因的序列为探针进行杂交，有阳性杂交信号的点（株系）即为该基因的插入突变体。 COLLEGE OF LIFE SCIENCE 侧邻DNA测序法 将所有株系的T-DNA（或转座子）插入位点两侧的序列扩增出来并测序，然后将这些序列储存在一个基因敲除数据库中。用生物信息学的方法将各个待测基因的序列与该数据库中的序列进行比较，即可获知哪些株系发生了哪些基因的插入突变。 COLLEGE OF LIFE SCIENCE 分析基因表达谱（expression profile） —转录组分析（transcriptome） 转录组（transcriptome）是指在某一特定条件下单个或一组细胞所具有的mRNA的总和。对转录组的分析，就是检测各种mRNA的表达水平，由此可以反映各种基因的表达调控，推断其可能的功能和作用网络。 对转录组的分析主要有以下两种方法： SAGE（Serial Analysis of Gene Expression） Microarray（微阵列）/ DNA chip（DNA芯片） COLLEGE OF LIFE SCIENCE SAGE 分析SAGE: 能同时分析大量的转录本 三项原则： 取短片段的序列（10-14 bp），必须包括能区分一个转录本的足够的信息。 短片段的序列之间能够相互连接形成长的序列分子，这样的分子能够被克隆与测序。 某特异序列被观察到的时间量(标签出现的频率)代表某个转录本的表达丰度 。 技术关键： 用一种特殊的限制性内切酶，能够切取特定的标签长度。如:BsmF1 COLLEGE OF LIFE SCIENCE SAGE 从特定组织中提取mRNA，通过反转录成为cDNA。 通过限制酶切从每条cDNA上得到一条长10-15bp的片段，称为SAGE标签。 将来自各种cDNA上的标签连接成许多串联复合体，并将其克隆。 对这些克隆进行测序，然后统计各种标签的数量。这样就能了解各种mRNA的相对丰度。 COLLEGE OF LIFE SCIENCE SAGE 实验计算机软件的用途 选择具有合适相间距离的限制性内切酶位点 在繁浩的基因序列数据中提炼“标签” 将标签的序列信息储藏在数据库之中 在计算机中模拟“标签”序列与基因组序列的相匹配 COLLEGE OF LIFE SCIENCE DNA 芯片 （Microarry）- 什么是Microarry技术？ 一种非常有效的基因表达研究技术，可以同时检测多达10万个基因的表达状况。特别是用于了解在一种组织中各类mRNA的丰度。它的特点是： 平行性 高通量 大范围、大规模 基因组水平上的 COLLEGE OF LIFE SCIENCE DNA 芯 片（DNA Microarry）- 概 况？ 原则上是在玻璃片、尼龙膜或其他材料上点上一系列的DNA片段，然后与不同的转录本探针进行杂交。 这些有序排列的“点”可以是细菌克隆、纯化后的质粒DNA、插入片段、或者是核苷酸片断。 点样的密度可以达到每片10万个 多种高技术的有机组合 COLLEGE OF LIFE SCIENCE DNA 芯 片（DNA Microarry）- 尼龙膜上点样 用放射性物质标记探针，这是一种经济的方法 COLLEGE OF LIFE SCIENCE DNA 芯 片（DNA Microarry）- 几种常见的技术 高速的机器手在玻璃芯片上点样，通常是点经过PCR扩增的cDNAs，所谓芯片的“印制” 依赖高速机器手，点长片段的核苷酸（70mer Agilent技术） 用所谓的照相平板印刷法，直接在芯片上合成25mer的多低聚核苷酸 (Affymetrix GeneChips) 用“铝镜”技术在芯片上直接合成25-70 mers的低聚核苷酸 (Nimble GeneChips技术) COLLEGE OF LIFE SCIENCE DNA 芯片的分析过程 COLLEGE OF LIFE SCIENCE DNA 芯片的分析过程 COLLEGE OF LIFE SCIENCE DNA 芯片的分析过程 COLLEGE OF LIFE S