生物医学信息学解读.ppt

6、专家系统 专家系统（Expert System）是一种基于知识的智能系统，它将领域专家的经验用一定的知识表示方法表示出来，并放入知识库中，供推理机使用 知识库是专家系统的第一重要组成部分，知识库中的知识通常分为两类： - 一类领域的事实性知识，或广泛公用的知识 - 另一类是启发性知识，是领域专家在长期研究和实践过程中 积累起来的经验总结 知识获取方式大致上可以分为两种： - 一种是由知识工程师向领域专家询问有关知识，经过整理编 辑后将知识转换成计算机表示形式，送入知识库 - 另一种是针对大量数据进行机器学习，分析、总结和抽取出 有用的新知识，这是更高层次的知识获取方式。 专家系统的另一个重要部分是推理机，由它来控制和 协调整个系统，并根椐当前输入的数据和知识，按一定的推理策 略，去解决当前的问题，推导出结论 * * * * 使 用 界 面 解释机构 推 理 机 知识获取 知识库 数据库 领域专家 用 户 AI专家 专家系统的基本结构 7、分子模型化技术 分子模型化（Molecular modeling）是利用计算机模拟分子结构、研究分子之间相互作用的一种技术 分子模型化是进行分子设计的基础。分子图形学（Molecular Graphics）是进行分子模型化的一项重要技术，正是由于分子图形学和其它计算化学方法（如分子力学、分子动力学）的相互结合，才使得分子模型化方法取得成功 * * * * 8、量子力学和分子力学计算 量子力学主要研究原子、分子、凝聚态物质、以及原子核和基本粒子的结构、性质的基础理论，在化学等有关学科中得到了广泛的应用 分子力学（Molecular Mechanics）方法是一种非量子力学的计算分子结构、能量与性质的方法，该方法应用经验势能函数，即经验力场方法模拟分子的结构，计算分子的性质 在进行分子结构分析、构象优化、分子间相互作用研究及分子模拟时需要应用量子力学或分子力学 * * 9、生物分子的计算机模拟 所谓生物分子的计算机模拟就是从分子或者原子水平上的相互作用出发，建立分子体系的数学模型，利用计算机进行模拟实验，预测生物分子的结构和功能，预测动力学及热力学等方面的性质 分子动力学和蒙特卡罗方法（Monte Carlo method）是两种最常用的技术，另一种模拟方法是模拟退火方法 * * * * 10、因特网（Internet）技术 Internet已经成为生物学研究的平台，同时也成为分子生物学研究人员进行信息交流特别是生物分子数据的交流的场所 - 通过网络查询或搜索所需要的生物信息，使用分析工具 - 将所要处理的数据直接送到相应的网络服务器上，服务器接受你的处理请求，并将处理结果返回 * * 本章总结 理解生物信息学的概念 了解生物信息学的研究目标、任务和内容 了解生物信息学研究所用的方法和技术 * * The End * * 功能基因组学的研究内容 进一步识别基因，识别基因转录调控信息，分析遗传语言。 注释所有基因产物的功能，这是目前基因组功能注释的主要层次。 研究基因的表达调控机制，研究基因在生物体代谢途径中的地位，分析基因、基因产物之间的相互作用关系，绘制基因调控网络图。 比较基因组学研究，在基因组水平对各个生物进行对照比较，可以揭示生命的起源和进化、发现蛋白质功能。 * * 人类基因组与其它生物基因组比较 * * 例：人与鼠染色体的差别 * * 后基因组时代 * * Structure Function Pathways Physiology Populations Evolution Ecosystems Genomes Gene Products 生物信息学与新药研制 未来的药物研究过程将是基于生物信息知识挖掘的过程 * * 数据处理和 关联分析 发现药物 作用对象 确定靶目标 分子 针对靶目标 进行合理的 药物设计 生物信息学与疾病检测 基因组计划产生的基因及基因多态性数据与临床医学检验结果之间的关系需要利用生物信息学的方法去分析、去揭示 根据这样的分析结果，科学家能够更准确地了解疾病产生的根本原因，更精确地预测某个人患癌症、糖尿病或者心脏病的可能性，从而彻底改变我们诊断、治疗和预防疾病的方式 * * 第四节 蛋白质结构与功能关系的研究 * * 蛋白质结构 蛋白质序列 蛋白质功能关系 基因组计划的不断推进，其结果不仅导致DNA序列数据的迅速增长，也导致蛋白质序列数据的迅速增长。 生物信息学在蛋白组学研究中的主要任务是产生和分析蛋白质的结构，并将结构知识应用于生物学、医学、药学等生命科学