1108-02Ome分析报告.ppt

模式生物基因组的规律 比较小 编码基因的比例较高 重复顺序和非编码顺序较少 G+C%较高 内含子和外显子的结构组织较保守 剪切位点一致，DNA 冗余 orthologous蛋白承担核心生物功能 Synteny连锁的同源基因有相同的连锁关系等。 亚领域对比 亚领域 内 容 结构基因组学 整个基因组的 遗传制图、物理制图、DNA测序 功能基因组学 认识、分析整个基因组所包含的  基因、非基因序列及其功能 比较基因组学 比较不同物种的整个基因组，增 强对各个基因组功能及发育相 关性的认识 任务对比 基因组学学科的发展 营养基因组学（nutritional genomics）， 环境基因组学（environmental genomics）， 药物基因组学（phamarcogenomics）， 病理基因组学（pathogenomics）， 生殖基因组学 (reproductive genomics)， 群体基因组学 (population genomics) 。 生物信息学 (bioinformatics) --------etc. END * Chapter 2 基因组学概述 Genome Proteome Interactome 美国HGP研究院技术发展协调项目主持人 Jeflery/Schloss 定义: 不同通路之间的交流—优其是蛋白质路经 韦氏字典定义“OME”~MASS之意， INTERACT~通过另一个作用之意。 “Interactome相互作用组” —新组诞生(组学ome) 1999.《Nucleic Acids Research》 用flyNets 互联网数据库领会Drosophila Melanogaster 中的分子相互作用和遗传网络 意即 “旨在描述内容、功能、结构和行为的相互作用数据库—定义为相互作用组”。 下一步是在“组” 上粘接后缀(-ome)。 研究基因组结构和功能的科学。 基因表达概况 基因产物-蛋白质功能 蛋白质与蛋白质相互作用  （Genomics） 1986年Thomas Roderick(美)提出了 基因组学(Genomics) 从基因组整体水平上阐述基因的活动规律 指对所有基因进行基因组作图(包括遗传图谱、物理图谱、转录图谱)，核苷酸序列分析，基因定位和基因功能分析的一门科学。 研究范围 功能基因组计划； 基因产物识别； 基因功能鉴定； 基因调控机制分析 基因组学分类 结构基因组学 功能基因组学 比较基因组学 结构基因组学(structural genomics) 通过HGP的实施完成。 结构基因组学 遗传图谱 物理图谱 序列图谱 借助计算机技术，模拟未知基因的蛋白质产物的立体结构， 根据结构与功能的关系进行预测， 探求蛋白质具有特定的生物学功能。 结构基因组学研究 通过基因作图、核苷酸序列分析 确定基因组成及定位。 基因作图 将染色体上巨大的基因组， 分解成小的结构区域。 构建基因组高分辨率图谱 遗传图谱、物理图谱、转录图谱。 [根据使用的标志和手段不同] 三种类型作图 遗传图谱（genetic map） 通过遗传重组所得到的基因在具体染色体上线性排列图~~遗传连锁图。 计算连锁的遗传标志之间的重组频率， 确定相对距离，用厘摩（cM）表示。 【cM：每次减数分裂的重组频率为1%】 A E D b A E d B A E d b D B A E 遗传距离：两对等位基因之间重组互换的频率 10cM 10% 早期多态性标志 RFLP(限制性酶切片段长度多态性)、 RAPD(随机引物扩增多态性DNA)、 AFLP(扩增片段长度多态性)； 绘图