02 - 核酸序列相似性的分析.pptVIP

Wait for a while … Blastn result (1/4) 44 Blastn result (2/4) 45 比对分值 颜色代码 Blastn result (3/4) E值越小，相似性越大。 （E值：找出比本序列与查询序列更相似的概率） Click here. 45 Blastn result (4/4) 低复杂度区域用小写字母表示 查询序列 （核酸） 数据库序列 （核酸） Practice 2-1 试对以下DNA序列做blastn分析。 gtacgtccgg cctggtggtg ggttcgagcc caacttcatg ctcttcgaga agtgcgaggt gaacggtgcg ggggcgcacc ctctcttcgc cttcctgcgg gaggccctgc cagctcccag cgacgacgcc accgcgctta tgaccgaccc caagctcatc acctggtctc cggtgtgtcg caacgatgtt gcctggaact ttgagaagtt cagttaaaag gaggcgcctg ctggcctccc cttacagtgc ttgttcgggg cgctccgctg （2）blastx Click here. blastx: 把核酸序列翻译成蛋白质序列后检索蛋白质序列数据库 （查询序列以所有6种读码框翻译后再进行比较） blastx Click here. Paste your sequence here (Word, Text or FASTA format) Example 2-2 使用blastx对下面的序列进行相似性检索。 gtacgtccgg cctggtggtg ggttcgagcc caacttcatg ctcttcgaga agtgcgaggt gaacggtgcg ggggcgcacc ctctcttcgc cttcctgcgg gaggccctgc cagctcccag cgacgacgcc accgcgctta tgaccgaccc caagctcatc acctggtctc cggtgtgtcg caacgatgtt gcctggaact ttgagaagtt cagttaaaag gaggcgcctg ctggcctccc cttacagtgc ttgttcgggg cgctccgctg Blastx result 数据库序列 （蛋白质） 查询序列 （翻译成了蛋白质序列，读码框为+2） （3）tblastx Click here tblastx: 把核酸序列翻译成蛋白质序列后检索核酸序列数据库 （查询序列和数据库序列都以所有6种读码框翻译后再进行比较） tblastx Click here. Paste your sequence here (Word, Text or FASTA format) Example 2-3 使用tblastx对下面的序列进行相似性检索。 gtacgtccgg cctggtggtg ggttcgagcc caacttcatg ctcttcgaga agtgcgaggt gaacggtgcg ggggcgcacc ctctcttcgc cttcctgcgg gaggccctgc cagctcccag cgacgacgcc accgcgctta tgaccgaccc caagctcatc acctggtctc cggtgtgtcg caacgatgtt gcctggaact ttgagaagtt cagttaaaag gaggcgcctg ctggcctccc cttacagtgc ttgttcgggg cgctccgctg tblastx result 数据库序列 （原本是核酸序列，被翻译成了蛋白质，读码框为+3） 查询序列 （翻译成了蛋白质序列，读码框为+1） Practice 请大家回去把刚才讲过的内容练习一遍。 Summary / 小结 GenBank数据格式 用“序列号”提取核苷酸数据 用“序列号”提取蛋白质数据 使用blastn的步骤 blastx tblastx GenBank数据格式 长度 分子类型 来源 更新日期 登录号 24 作者 标题 生物 杂志 用“序列号”提取核苷酸数据 1）选择Nucleotide 2）输入“AF310622” 3）Click 用“序列号”提取蛋白质数据 1）选择Protein 2）输入“P15172” 3）Click 使用blastn的步骤 2) Select “nr/nt”. 3) Click “BLAST”. Paste your sequence here (Word, Text or FASTA