MaterialStudio初步1精要.docVIP

上机实习1. 模型的建立与结构操作基础 软件: Materials Studio (MS) Visualizer 目的: 1)学会使用MS建立简单的分子/表面结构；2)学会基本的结构操作 任务 安装MS软件 退出电脑上的各种杀毒软件 进入MS4.0_win文件夹，双击setup.exe开始安装，然后一直下一步直到软件安装结束。如果安装出现错误，则需要先安装MSI文件夹下的WindowsInstaller-KB893803-x86.exe，然后再执行上述安装。 安装到最后一步时，选择For more options, start the License Administrator运行License Administrator，依次选择License file Install License Browse (browse to mslic.lic) Install OK。注意mslic.lic文件在你解压的目录里。. 建立分子结构 步骤: 双击桌面上的 “MS Modeling” 图标来启动程序，当出现下面的对话框时 选择“Create a new project”并点击OK按钮，此时需要输入一个名字来保存 (用自己名字的拼音来命名，不能用中文符号和字符)。 创建一个新的空白结构文件：右键单击下图中你自己的名字，依次选择“New”和 “3D Atomistic Document”。 默认的文件名为“3D Atomistic.xsd”, 右键点击这个文件名,选择“Rename”将其重新命名为你需要的名字, 如“water.xsd” 下面演示如何画分子结构: H2O, CH4, C6H6. 第一个红圈中的工具用来画单独的原子，下拉旁边的黑色三角型可以选择更多元素。第二个红圈是画碳环骨架工具，下拉旁边的黑色三角型可以选择不同原子数的碳环。 当建立好一个分子的骨架后，点击最后一个红圈中的H图标，软件可以自动补充分子中的氢原子。 使用第三个红圈中的工具可以使得画的初始构型转变为一个比较合理的形状(与高斯软件中的clean功能类似)。 最后鼠标右击所画的分子，选择“Display Style”选项，可以打开如下图所示的一个对话框；如下图所示勾选“Ball and Stick”， 并更改Stick radius 和 Ball Radius 的数值分别为0.1 和 0.3。 最终绘制的分子构型如下图所示： 水 甲烷 苯 更改键类型的方法： 选择需要修改的键，首先把鼠标模式更改为选择模式，（单击第一个图标 ），然后鼠标单击需要更改的键（此时该键变成黄色，即表示选中）。 鼠标单击软件菜单栏中Modify | Modify Bond type | …. ，选择需要更改的类型即可，如Double Bond。（如下页图所示） Exercises: 画出下列分子的构型： CH3COOH, (C6H5)-CH2NH2, CH3OH, CH3CHO  任务 2. 从文件库导入构型 右键单击项目的名字（你自己名字的拼音）并选择 “import”: 选择路径: C:\Program Files\Accelrys\MS Modeling 4.0\Structures 选择子文件夹 metals\pure-metals, 找到Au.xsd 双击之后就会导入该构型到你当前的项目中。 练习： 导入下列构型到你当前的工作项目中，并用“Ball and Stick”来显示这些构型： Pt metal, ?-Al2O3 (metal-oxides\), 5x5 carbon nanotubes (nanotubes\) 任务 3. 建立表面构型 Pt(111) 表面具有较高的活性，被广泛用于各种异相催化反应中：如催化加脱氢反应。在此，我们以Pt(111)表面为例来演示表面的建立步骤： 用任务2中的方法从结构库中导出Pt.xsd 首先用 “Cleave surface” 工具来切表面: 在弹出的对话框中输入相关项的数值，紧接着点击“cleave”，所有过程依次如下图所示： 建立真空层，在菜单中依次选择：“Build | Crystals | Build Vacuum slabs”，如下图所示： 构建超胞（supercell），建立超胞后如下面右图所示（build | symmetry | supercell ）： 弹出如下的对话框，按照下图所示更改A B C数值，然后点击create supercell 完成超胞建立。 练习: 建立?-Al2O3(