遗传作图及基因定位(综述)写的很好.ppt

研究数量性状在发育不同时段的基因表达和效应进行，有助于揭示数量性状发育的分子遗传机理。QTL的动态定位能揭示QTL的动态表达，从而可以提高定位的效率。 4.3 分离群体分组分析方法的应用 Michelmore(1991)提出分离群体分组分析方法（BSA法）作为快速鉴别与特定质量性状基因或染色体区域相连锁的标记已得到广泛的应用； 将高值和低值两组个体的DNA分别混合，形成两个DNA池，然后检测两池间的遗传多态性。在两池间表现出差异的分子标记即被认为与QTL连锁。从而可以大幅度减少需要检测的DNA样品的数量。 但该法只能用于单个性状的QTL分析，且灵敏度和精确度都较低，一般只能检测出效应较大的QTL。 4.4 QTL比较定位 相关物种的基因组是由共同的原始基因组进化而来，因而它们彼此之间存在着一定程度的相似性。相关物种的基因组在某些区段上具有共线性，在进化过程中基因的排列顺序相当保守。因而可以采用同样一套DNA探针，比较不同物种相似性状的QTL在连锁图上的位置，这就是QTL的比较定位。 5、QTL的精细定位及克隆 对QTL研究的一个重要目标就是将QTL上的基因克隆分离出来，用于基因工程操作。 目前用于QTL定位的群体一般为初级定位群体，大多数QTL定位的精度只在10-20cM，这一精度无法区分是单个基因还是多个QTL位点连锁的多基因成分。对于克隆来说还太粗糙。而且这一基因组区域很可能包含控制同一性状的几个相反的QTL，这势必影响改良的性状在这一区域的遗传获得量和育种值。 要提高基于QTL的选择效果，就必须构建次级定位群体，消除群体内背景遗传因子的干扰。这些群体包括： 近等基因系（near isogenic lines, NIL）、 回交近交系群体(backcross inbred lines, BIL) 单片段代换系群体(single segment substitution lines, SSSL)等。 这类群体是由供体亲本与受体亲本经过多代回交以后选育形成的，株系间除目的性状外遗传背景基本一致。 可以将遗传背景的干扰效应降低至最小，极大地提高QTL定位的精度。在此基础上，通过染色体登陆和行走，最终可以实现QTL的克隆。 Martin等（1993）首次报道了以图谱为基础的基因克隆在植物上的应用：利用抗病、感病的近等基因系杂交获得F2群体，最终获得了抗番茄茎腐病的主效基因PTO； 其它作物上也有许多重要性状主效QTL的精细定位和克隆。 目前作物上定位的诸多QTL 还很难付诸育种实践，这是因为连锁作图在分析数量性状基因方面存在一些问题：（1） QTL 检测主要依赖一个或少数几个亲本组合，以此进行MAS不能有效利用更多的种质资源和更广泛的遗传多样性。 （2）来自于种间杂交群体定位的QTL，难以直接应用于陆地棉的MAS；而来自陆地棉种内杂交群体定位的QTL，具有较强的“群体专一性”，在其他育种群体后代中进行MAS 时仍然存在一定的困难。大多数QTL 尚需在育种亲本和种质资源群体中进一步证实。 近年来，应用关联作图（Association mapping，AM）解析植物数量性状基因已成为目前国际植物基因组学研究的热点之一。关联作图又称关联分析（Association analysis）或连锁不平衡作图（Linkage disequilibrium mapping，LDmapping），曾广泛应用于人类遗传学研究中（Ruth 等，1999）。一般以群体结构非固定的自然群体（种内）或种质资源群体为研究对象，以长期重组后保留下来的基因（位点）间连锁不平衡为基础，在获得群体表型数据与基因型数据后，采用统计方法检测遗传多态性与性状可遗传变异之间的关联(Mackay 等，2007)。关联作图已引起种质资源研究者的重视，在玉米（Yang 等，2010）、水稻（Shao 等，Online）、小麦（Yao 等，2009）、大豆（Hyten 等，2007）、大麦（M