盐芥ICE1转录因子的克隆及其生物信息学分析.pdfVIP

生物技术通报 BIO TE CHN OLOG Y B ULLETIN 2010 11 ICE1 1 2 2 1 轩春雷 肖向文 李晓波 祝建波 1 2 ( , 832003; , 830023) : ICE1基因编码 一个MYB类型的碱性螺旋- 环- 螺旋( bHLH)转录因子,在冷胁 条件下调节 CBF基因的表 达, 能够提高植物抗寒性利用盐芥 5 EST序列和拟南芥 ICE1 3 UTR保守序列设计引物,从盐芥基因组中克隆得到了 1 个 2 525 bp的基因 xhICE生物信息学分析, 表明该基因具有 4 个外显子, 4 个内含子,外显子 /内含子边界符合经典的 TA 规 则由此推导的 cDNA 包含 一个1 500 bp的开放阅读框, 编码 500 个氨基酸与拟南芥 ICE1相比, 二者的内含子具有相同的 类型和相对保守的位置,在核酸水平与氨基酸水平高度同源, 并且具有相同的 bHLH 结构域以上分析都表明, xhICE基因可 能是盐芥 ICE1基因, 涉及抗寒相关的 CBF转录调控途径 : 转录因子 表达序列标签 生物信息学 ICE1 Cloning and Bioinformatics Analysis of a Transcription Factor ICE1 from Thellung iella ha lop h ila 1 2 2 1 Xuan Chunlei X iao Xiangwen L iX iaobo Zhu Jianbo 1 2 ( College of Lfie Sciences, Shihezi University, Shihezi 832003; TheX inj iang Technical Institute of Physics Chem istry, C S, Urumqi 830023) A bstrac:t ICE1 encodes aMYCtype basic helixloophelix transcription factor that regulates the transcription ofCBF genes un der cold stress, which can mi prove the chilling tolerance ofplants. In this study, wem ake use of the 5 EST sequence ofThellung iella halop hila and the 3 UTR sequence of rabidop sis thaliana ICE1 to design prmi er and clone the ICE1 gene from Thellungiella ha lo ph ila. The bioinformatics analysis showed that this gene consists of four exons and four introns, and the intronexon boundaries con form to the! TA ∀ rule. It follow s that this predicted cDNA has an open reading frame ( ORF) of 1 500 bp in length, encoding a protein of500 am ino acids. In comparison to the genome sequence of rabidop sis thaliana