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tRNA序列进化的研究 摘要 tRNA分子在蛋白质合成中处于关键地位。利用复杂网络理论研究 tI矾A序列的进化特征、进化机制、进化行为，从而揭示t对峪序列的进化 历史以及它们的从属关系。利用序列的不同相似度建立tRNA序列网络，比 较、分析、讨论网络中三个重要参数，揭示tI矾A序列的进化特点，找出它 们隐含的生物意义。根据ⅡⅢA序列的二级结构，基于Watson．Crick配对 规则和MonteCarlo理论，利用计算机随机产生tIⅢA序列，根据网络的连 接条件建立tI斟A序列的模拟网络，并与真实涨序列网络比较，分析所 建立的随机t鼢蛆序列是否能反映真实tRNA序列。比较、分析、讨论孤立 反密码子与其连接反密码子之间的关系，及分析这些tRNA的整体行为和共 同特征，并构建不同相似度的进化树研究tI矾A序列的系统发育。基于Prim 算法，找出网络中的最小生成树，揭示蝴序列的最短最优的进化路径。 第一章主要介绍了生物数据库的概况，复杂网络的基本模型：随机网 络模型、wS网络模型和BA网络模型，以及简述了生物网络的研究进展。 第二章主要介绍tRNA序列的来源及网络相关参数，tRNA序列的分组 和tRNA序列网络模型建立。通过比较、分析、讨论网络的相关参数：平均 度、平均聚类系数、平均最短路径，进一步说明点突变是t鼢怆序列进化的 重要机制，并反映了它们的进化近似符合中性理论以及在同一组氨基酸和 Stop内的tRNA序列在进化历史上的同源关系更密切；同时表明了涨序 T 列在进化过程中具有自相似性。 第三章主要介绍随机tRNA序列模型的构建方法，t砌峪序列真实网络 与模拟网络的建立，比较、分析、讨论两种网络的度分布、平均度分布函 数K(S)、平均聚类系数分布函数C(S)和平均最短路径分布函数L(S)。研究 结果表明：真实tRNA序列不是完全随机产生的序列。 在第四章中，一方面通过比较、分析、讨论孤立反密码子与其连接反 密码子之间的关系，揭示tI澍A序列进化关系；另一方面，介绍了距离矩阵 的联配分数的方法，进化树构建步骤和分析不同相似度的进化树，揭示氨 基酸和Stop的进化特点。 第五章主要介绍了Prim算法，并利用这种算法构建tRNA序列最小生 成树，分析删A序列最小生成树的拓扑结构，揭示tRNA序列的进化特点。 最后，对本论文工作进行总结和展望。 黼：涨序列 复杂网络相似度 反密码子氨基酸进化树 最 小生成树 Ⅱ THEEVOLUTIONARYRESEARCHOFtRNA SEQUENCES ABSTRACT tRNA an roleinthe Each molecule playsi】[nportant proteiIlsynthesis．The and of behaviortRNA are ct掰acteristic，mechanism evolutionary sequences me ne觚ork shoWs complex researChedby theo吼which andtheiramliation．Afber and thI．ee history comparing，analyzingdiscussing inthedif-ferentnetworksbasedondif．ferentsi疵1ar i