石斛SSR标记的开发及可转移性分析.pdfVIP

植物科学学报　 ２０１３ꎬ３１(５):５００~５０９ Ｐｌａｎｔ ＳｃｉｅｎｃｅＪｏｕｒｎａｌ 　 　 ＤＯＩ:１０３７２４/ ＳＰＪ１１４２２０１３５０５００ 石斛 ＳＳＲ标记的开发及可转移性分析 邱道寿ꎬ郑希龙ꎬ蔡时可ꎬ郑锦荣ꎬ罗焕明ꎬ张 蕾ꎬ邓瑞云ꎬ李 武ꎬ刘晓津∗ (广东省农业科学院作物研究所ꎬ广东省农作物遗传改良重点实验室ꎬ广州 ５１０６４０) 摘　 要:当前已开发的石斛(Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍ)ＳＳＲ标记仅 １００余对ꎬ 难以满足研究的需要ꎮ 为开发更多石斛分子标 记ꎬ 本研究通过生物信息学方法从公共核酸数据库搜索石斛 ＳＳＲꎮ 结果表明ꎬ ＧｅｎＢａｎｋ收录的３５９９ 条石斛 ＤＮＡ序列经拼接获得 １３４３条Ｕｎｉ￣ＤＮＡ序列ꎮ 经搜索ꎬ 共检测出２８３个ＳＳＲꎬ 分布于２０５条Ｕｎｉ￣ＤＮＡ序列ꎬ 平 均每２８１５ ｂｐ含一个ＳＳＲꎮ 通过序列比对ꎬ 剔除８６条已开发引物的ＳＳＲ￣ＤＮＡ序列ꎬ 从剩余的１１９条序列设计 ７６对引物ꎬ 并在石斛属３２个种间进行可转移性分析ꎬ 结果显示 ４７对引物得到有效扩增ꎬ 种间可转移率为 ５１１％~９５７％ꎬ 平均为７５９％ꎮ 有效扩增引物中有４６对在石斛种间具多态性ꎬ 检测出等位基因数２~８个ꎬ 平均４０个ꎮ 选取 １０对多态性引物扩增６０份铁皮石斛资源ꎬ 每对引物检测出等位基因数２~５个ꎬ 平均３４ 个ꎮ 根据ＳＳＲ扩增带型将６０份铁皮石斛资源聚为５大类ꎬ 同一类型内的表型较类群间接近ꎮ 对 ＤＭ１２１扩增产 物测序表明铁皮石斛种内的ＳＳＲ等位变异由ＳＳＲ重复次数差异造成ꎬ 而石斛种间的ＳＳＲ等位变异还包含ＳＳＲ 位点侧翼序列的插入缺失以及替换ꎮ 关键词:石斛ꎻＳＳＲꎻ开发ꎻ可转移性ꎻ多态性 ＋ 中图分类号:Ｑ９４９７１ ８４３　 　 　 　 　 文献标识码:Ａ　 　 　 　 　 文章编号:２０９５￣０８３７(２０１３)０５￣０５００￣１０ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ ＴｒａｎｓｆｅｒＡｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＳＳＲ ｉｎ Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍ ＱＩＵ Ｄａｏ￣ＳｈｏｕꎬＺＨＥＮＧＸｉ￣ＬｏｎｇꎬＣＡＩＳｈｉ￣ＫｅꎬＺＨＥＮＧＪｉｎ￣Ｒｏｎｇꎬ ＬＵＯ Ｈｕａｎ￣ＭｉｎｇꎬＺＨＡＮＧ ＬｅｉꎬＤＥＮＧ Ｒｕｉ￣ＹｕｎꎬＬＩＷｕꎬＬＩＵＸｉａｏ￣Ｊｉｎ∗ (Ｃｒｏｐｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅꎬ ＧｕａｎｇｄｏｎｇＡｃａｄｅｍｙ ｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｃｒｏｐｓ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ ｏｆ Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ Ｐｒｏｖｉｎｃｅꎬ Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ５１０６４０ꎬ Ｃｈｉｎａ) Ａｂｓｔｒａｃｔ:Ｔｏ ｄａｔｅꎬ ｏｎｌｙ １００ ＳＳＲ ｍａｒｋｅｒｓ ｉｎ Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄꎬ ｗｈｉｃｈ ａｒｅ ｆａｒｆｒｏｍ ｓｕｆｆｉｃｉｅｎｔ ｆｏｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ. Ｔｏ ｄｅｖｅｌｏｐ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓꎬ ｗｅ ｍｉｎｅｄ ＳＳＲｏｆ Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍｆｒｏｍ ｐｕｂｌｉｃ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｄａｔａｔｈｒｏｕｇｈｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｍｅｔｈｏｄｓ. Ｓｏｍｅ １３４３ Ｕｎｉ￣ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｗｅｒｅ ａｓｓｅｍｂｌｅｄｆｒｏｍｔｈｅ３５９９ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍｆｒｏｍ ＧｅｎＢａｎｋ. Ｂｙ ｓｃａｎｎｉｎｇ ｔｈｅ Ｕｎｉ￣ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓꎬ ２８３ ＳＳＲｓ ｗｅｒｅ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｉｎ ２０５ Ｕｎｉ￣ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓꎬ ｗｉｔｈ ａｎａｖｅｒａｇｅｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｏｆ １ＳＳＲｐｅｒ２８１５ ｂｐ. Ｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈａｔ８６ｏｆｔｈｅ ２０５ ＳＳＲ￣ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｈａｄ ａｌｒｅａｄｙ ｂｅｅｎ ｕｓｅｄ ｔｏ ｄｅｓｉｇｎ ｐｒｉｍｅｒｓ. Ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙꎬ ７６ ｐｒｉｍｅｒ