西瓜bHLH转录因子家族基因的鉴定及其在非生物胁迫下的表达分析.pdfVIP

园艺学报，2016 ，43 (2) ：281 –294. Acta Horticulturae Sinica doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0886；http ：//www. ahs. ac. cn 281 西瓜 bHLH 转录因子家族基因的鉴定及其在非 生物胁迫下的表达分析 何 洁，顾秀容，魏春华，杨小振，李 好，马建祥，张 勇，杨建强， 张 显* （西北农林科技大学园艺学院，陕西杨凌 712100 ） 摘 要：利用生物信息学方法，在西瓜测序基因组 97103 中共鉴定出 96 个 bHLH 家族成员，其中有 94 个可以被定位到西瓜的 11 条染色体上。通过基因结构和结构域序列保守性的预测，发现这些基因的序 列长度和内含子数量变化很大，但 bHLH 结构域序列比较保守。用拟南芥中 39 条已知的 bHLH 蛋白序列 和西瓜的 96 条 bHLH 蛋白序列构建系统发育树，结果显示西瓜的 bHLH 家族可以进一步被分为 11 个亚 族。运用荧光定量实时 PCR 技术，分析了该家族中 21 个基因在西瓜响应非生物胁迫时的表达水平，结果表 明，8 个基因受低温胁迫诱导表达，13个基因受ABA 胁迫诱导表达，14个基因受盐胁迫诱导表达。ClabHLH41 在 3 种胁迫下表达量均显著增加，说明其在低温、ABA 和盐胁迫应答中可能发挥着重要作用。 关键词：西瓜；bHLH ；全基因组鉴定；胁迫响应；基因表达 中图分类号：S 651 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2016 ）02-0281-14 Identification and Expression Analysis Under Abiotic Stresses of the bHLH Transcription Factor Gene Family in Watermelon HE Jie ，GU Xiu-rong，WEI Chun-hua ，YANG Xiao-zhen ，LI Hao ，MA Jian-xiang ，ZHANG Yong ， * YANG Jian-qiang ，and ZHANG Xian （College of Horticulture，Northwest A F University ，Yangling，Shaanxi 712100 ，China） Abstract ：The bHLH family is a large superfamily of transcription factors （TFs ）in plants，which play critical roles in plant development and response to diverse environmental stimuli. The analysis of evolution and structure of bHLH genes and their expression under abiotic stresses in watermelon conduced to a deep understanding of them and their application. Based on bioinformatics methods ，a total of 96 bHLH genes were identified and 94 of them were mapped onto 11 chromosomes. Sequence analysis showed that bHLH genes were diverse both in length and numbers of intron ，but were conserved in bHLH domain region. The phylogenetic tree ，which was constructed with amino acid sequences of bHLH domain of 96 and 39 bHLHs from watermelon and Arabidopsis ，indicated that b