生物信息学第四章基于距离的系统发生分析报告.ppt

4.4.2 分支长度的估计 ?例： A （A，C) （D，E） C D E 4 4 2.5 2.5 6.25 6.25 这个简单的估计分支长度的方法使得UPGMA成为能构造有根系统发生树的少数几种方法之一。 dDE = 5 dAC = 8 如果假设所有家系的进化速率不变，那么内部节点将置于与分叉树上相对应的两个物种距离相等的地方。 描述4个物种的标度树 4.4.2 分支长度的估计 当不同的家系有不同的进化速率时，确定标度树的分支长度变得略微复杂些 B A C χ у z dAC= χ + у dAB= χ + z dBC= у + z 对上面的等式进行简单的代数变换，分支长度就可以用两两距离矩阵中的数值表示： χ = （dAB + dAC – dBC）/ 2 у = （dAC + dBC – dAB） / 2 z = （ dAB + dBC – dAC ）/ 2 最简单的树 (3个物种，1个分支点) 4.4.2 分支长度的估计 对于更复杂的树（多于一个分支点的树）的分支长度的估计，可以一次考虑3个分支。 ?例：在一组5个物种（1，2，3，4和5）的距离矩阵中，用UPGMA首先将物种1和物种2聚到一组， 前面等式中的dAC和dBC就是这两个物种和其他所有物种之间距离的平均值： dAC=（d13 + d14 + d15 ）/3 dBC =（d23 + d24 + d25 ）/3 B A C’ χ у z 1 2 3 4 5 1、先考虑圆圈里的分支 2、由于这里不再是三个物种， C’所表示的含义不同于三 个物种的系统树，它代表除 1、2之外的所有物种。 3、计算dAC’、dBC’ dAC’=(d13+d14+d15) / 3 dBC’=(d23+d24+d25) / 3 4、用新计算出的dAC’ 、dBC’替换三个物种系统树公式中的dAC和dBC，得到公式 χ = （dAB + dAC’ – dBC’）/ 2 у = （dAC’ + dBC’ – dAB） / 2 z = （ dAB + dBC’ – dAC’ ）/ 2 5、解出x、z之后再考虑下一个分支，最终解出全部的距离 4.4.3 距离变换法 距离矩阵法的一个优点是对于表型数据和分子数据，甚至是两者的结合，都很适用。它考虑了具体分析中所有可能获得的数据，而在第5章中介绍另一种算法——简约法则忽略所谓的非信息位点。 UPGMA算法的一个缺陷是假定所有家系的进化速率是相同的，但是相对速率测试表明情况并不总是这样。替换速率的变化对UPGMA方法来说是很重要的问题，极易导致它产生错误的拓扑结构的树。 4.4.3 距离变换法 除UPGMA法外，其他的一些基于距离矩阵的方法考虑了不同的家系有不同的进化速率，其中最简单的最早的算法是距离变换法。 这种方法充分利用了外群或外部参考物种——先于其他所有被考虑的物种 [内群或内部物种] 从它们的共同祖先中分化出来的那些物种 。 UPGMA 距离矩阵 系统发生树 外部种群 距离变换 4.4.3 距离变换法 假定D为外部参考物种，变换式如下： d’ij=（dij-diD-djD）/ 2+dD d’ij是物种i和j之间变换后的距离， dD是外部参考物种与全体内部物种之间的平均距离。 dD=ΣdiD / (n-1) 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 － － 四个物种两两进化距离（假设树可加） － A B C D 3 6 2 3 1 6 四个物种之间真实系统发生关系以及分支长度 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 dD=(dAD+dBD+dCD) / 3 = (12+15+10) / 3 = 37/ 3 － 物种 A B B C d’AB=(dAB-dAD-dBD) / 2 + dD = (9-12-15)/2+37/3=10/3 － 10/3 d’BC=(dBC-dBD-dCD) / 2 + dD = (11-15-10)/2+37/3=16/3 d’AC=(dAC-dAD-dCD) / 2 + dD = (8-12-10)/2+37/3=16/3 － － 16/3 16/3 4.4.3 距离变换法 d’ij=（dij-diD-djD）/ 2+dD d’ij是物种i和j之间变换后的距离， dD是外部参考物种与全体内部物种之间的平均距离。 dD=ΣdiD / (n-1) 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 － － 物种 A B B 10/3 C 16/3 16/3 四个物种两两进化距离（假