寡糖构象创新.ppt

寡糖构象 内 容 糖生物学的一个主要目标是将聚糖的结构与其功能联系起来。正如序列不同的蛋白质可拥有各具特色的三级结构或折叠一样，共价结构不同的聚糖可具有不同的构象。蛋白质序列支配着其三维结构，而这些结构则决定其功能。类似的规则很可能也适用于寡糖的情况。 但是，为结构和功能建立起联系的原理并不容易，部分原因是由于对聚糖所应有构象的知识很有限。 本章以N-连接寡糖三维结构为例解析结构。 1、寡糖三维结构称为寡糖构象 因为寡糖可以形成分支，人们常常不很恰当用“序列”这个词表示已糖和己糖胺构件的连接方式，因此，结构（structure）一词通常用来代表聚糖的共价结构（covalent structure）。 所以，“结构”一词就不能像在DNA和蛋白质场合中那样作为三维结构的简称了。 为避免混淆，构象（conformation）这个术语更多地用来代表寡糖在三维空间的排列方式。 2、单糖只拥有数目有限的构象 聚糖中己糖和己糖胺残基是比较刚性的，但它们在理论上可以拥有几种构象（图3. 1）。 由于船式构象（boat conformation）使原子在环内显得拥挤，椅式构象（chair conformation）比船式构象具有优势。 单糖构象 由于C1和C4上氢原子间拥挤，椅式构象比船式构象稳定 4C1椅式构象很少出现拥挤，因为环外C6和2, 3, 4位羟基都处于平伏位置，3C4椅式构象中的C6和羟基则处于轴向位置 非极性B面被定义为碳的顺序按逆时针排列的面 在不同的椅式构象中，结合在环上的各基团可以从吡喃糖环边沿以平伏位置（equatorial position）向外突出，或者处于从环面指向上下方的轴向位置（axial position）。 轴向位置的原子在空间更容易碰撞。生物聚糖数量上占优势的己糖残基中，有一个椅式构象，符号为4C1，具有能量优势，因为其中庞大的C6—OH基团以及大多数羟基都排布在平伏位置。 在这一构象中，糖环有一个面为非极性。这就是常见己糖的B面。 吡喃糖环表现为固定不变的单元，这个事实对聚糖构象的描述大为简化。由于取代基很少，因此侧链构象就不会像蛋白质特有结构那样变化多端。但围绕单键C5—C6仍可转动（图）。 对于任何单键，交错构象（staggered conformation）是可取的，因为转动键两端与两原子连接的原子间的距离最大。这些转动可用扭角（torsion angle）ω来描述。 氨基糖中围绕C2-N2键也有转动柔性。 围绕单键转动的代表性构象 交错构象容易使原子间距离增大；转动120o可能形成三种交错构象；纽曼（Newman）投影图提供了展现构象的简明为方式；C5—C6键转动柔性用ω角描述，由O6—C6—C5（灰）和O6—C6—C4平面（斜纹阴影）之间界定的平面进行测定；这个角也可以描述为O6—C6 —C4扭角 3、用扭角描述聚糖构象 由于单个糖残基的构象大都已知，对寡糖构象的描述实际上主要是描述残基之间的连键。用于描述这类连键的扭角与描述多肽主链构象的扭角类似（图）。糖苷键中有两个单键，描述构象就需要两个扭角Φ [fai]和Ψ[psai]。在与O6连键的情况下，ω角的数值还会影响这个连键的整体构象。 糖苷键的扭角和扭角图 由于两个扭角就能够描述大多数糖苷键的构象，因此，可以方便地把可能的构象展示在Φ对Ψ的二维图表中，如同应用Ramachandran图描述蛋白质主链构象那样。这种图表可随时用于比较不同的连键构象，而且在描述制约聚糖构象的能量时特别有用。 可惜的是对定义扭角的准则尚未取得一致，因此在对比来源不同的扭角图表时需要特别注意。这里所用的是晶体学中采用的规则。 4、局部空间和电子相互作用限制了糖苷键的可能构象 决定聚糖构象的第一个制约在于一组特殊的扭角是否能导致两个己糖或己糖之间不应有的空间碰撞。对肽键来说，大体上有3/4可能的构象因为很多扭角组合使肽键两端的原子过于接近而无法实现。 通过按范德华氏半径（van der Waals radii）界定的把原子看作是刚性圆球，就会察觉这些被排除的构象，并且注意到当扭角有改变时这些构象就可以实现。 对糖苷键而言，这些空间的顾虑不排除如此高比例的扭角组合。但是，还是有一些通过糖苷键局部空间效应与电子性质相结合决定的可优选的数值。 说明不同局部相互作用的关系，从扭角Φ开始很有用处。 作为一级近似，扭角可有3个优选的数值，相当于各键端原子上取代物处在交错的位置上。从可能性数值中，部分地依据取代基的大小选取最稳定的数值。对C—O键向下采用Newman投影就能看见这些空间效应（图）。 扭角的定义 在O—C1—O*平面（灰）和C1—O*—C4平面（斜纹阴影）之间测量Φ角，此角也称作O—C1—O—C4扭角；在C1—O*—C4平面（斜纹阴