NatureofMutations教程分析.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 功能获得突变的等位性 无法进行互补测试 根据相似表型与相同遗传定位判断 寻找分子证据 回复显性突变，产生完全失活品系，检测等位性 例. Let-60(n1046gf) n1046/ n1046 95% Muv n1046/null 7% Muv n1046/(n1046 null) ~7% Muv +/+ Dosage null/+ lf null Dp/+ gf/+ 野生型 突变表型 突变表型 IV. 分析突变 突变对应了多少个基因？ 每个基因分别是什么？ 基因突变导致哪些异常？ 各个基因怎样受到突变影响？ 各个基因的正常功能？ 各个基因的相互作用？ 有什么没被发现？ 表达与活性 空间分辨率与时间分辨率 动物、组织、细胞、细胞器水平 发育阶段或实时检测 基因产物在何时何地起作用？ 基因表达分析 检测RNA Northern 反转录PCR 原位杂交 报告基因转录 微芯片 大规模RNA测序 检测蛋白质 Western 免疫荧光 报告基因表达 蛋白组学 空间分辨率与时间分辨率 基因捕捉: 为突变基因贴上标签 真核基因表达 增强子 SA SA SD SD polyA AAAAA… 启动子 插入突变 SA SA SD SD polyA 增强子 启动子 增强子捕捉 SA SA SD SD polyA AAAAA… 获得细胞或组织特异标记 基因编码区可能仍在远处 可能不存在相应基因 必需依靠内源基因表达进行选择 报告基因 增强子 启动子 SA SA SD SD polyA 难以发现内含子较小的基因 只能检测一种读码框 必需依靠内源基因表达进行选择 AAAAA… 外显子捕捉 报告基因 增强子 启动子 外显子捕捉II SA SA SD SD polyA 难以发现内含子较小的基因 只能检测一种读码框 必需依靠内源基因表达进行选择 AAAAA… 报告基因 增强子 启动子 PolyA捕捉 SA SA SD SD polyA 不依赖于被检组织或细胞 可能检出假基因 在哺乳类细胞中效率受NMD影响 AAAAA… 报告基因 增强子 启动子 NMD:无义介导的mRNA降解(Nonsense-mediated mRNA Decay) PTC: Premature termination codon PTC PolyA捕捉 SA SA SD SD polyA AAAAA… ~90% 报告基因 增强子 启动子 UPA捕捉 SA SA SD SD polyA AAAAA… IRES Shigeoka et al. NAR 33: e20, 2005 报告基因 增强子 启动子 RNA和蛋白质分布可能不一致 Gallagher et al, Curr Biol 14:1847, 2004 SHR::SHR-GFP SHR::GFP The End * * * * * * * * * * * * * * * 遗 传 分 析 发育生物学研究所 吴晓晖 xiaohui_wu@ IV. 分析突变 突变对应了多少个基因？ 每个基因分别是什么？ 基因突变导致哪些异常？ 各个基因怎样受到突变影响？ 各个基因的正常功能？ 各个基因的相互作用？ 有什么没被发现？ 突变表型分析 突变表型：一个生物体携带的基因突变造成的各种表型变化 野生表型：正常个体(野生型)的表型 自然野生群体缺乏一致表型 乳腺癌患者的人种差异 发生率 (2005-2009) 白人：122.1 x 10-6 黑人：116.9 x 10-6 死亡率/发生率 (2005-2009) 白人：0.18 黑人：0.27 65岁生存率 (各7,375名) 白人：68.8% 黑人：55.9% 治疗差异的差异：0.81% CDC, MMWR, 2012 Silber JH et al. JAMA, 2013 用于遗传分析的野生型 选择自交系为野生型 所有个体基因型一致 所有位点均已纯合化 由野生型出发进行诱变筛选 实际使用中的限制 自交系不健康(小鼠) 多种充当野生型的自交系(小鼠、斑马鱼、果蝇、酵母、拟南芥等) 自交系存在遗传漂变 (果蝇) 遗传背景影响着表型 Qiu J et al, Endocrinology 2001 142: 3421-5 Ob突变引起C57BL/6J和BALB/cJ小鼠表现不同 克服遗传背景的影响 诱变筛选获得的品系往往携带多个突变 利用遗传定位检测各种表型是否定位一致 Nusslein-Volhard和Weischaus分别定位了致死和胚胎发育图式表型 通过连续回交获得携带单一突变的个体 在反式杂合子中检测突变表型 Nusslein-Volhard和Weischaus用