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禽流感NS1与其抑制剂相互作用模式的分析 研究背景 禽流感是一种严重危害人类以及畜禽健康的致命性病毒，每隔十年左右就会流行一次 目前治疗禽流感药物主要作用靶点有神经氨酸酶和M2离子通道 。据报道以血凝素和RNA聚合酶为靶点也发现了一些活性化合物 研究背景 NS1药物靶点： NS1蛋白根据其功能被定义为两个区域：RNA结合域和效应区。RNA结合域（RNA-binding domain，RBD）在靠近dsRNA结合面有一个口袋，这个口袋已经被证明可以作为抗病毒药物设计的靶点 优点：不易产生耐药性 PDB ID：2zko 研究背景 NS1抑制剂的研究现状： Maroto等以这个结合口袋为靶点建立了一种高通量筛选方法用于寻找抗病毒药物，并成功筛选出3个有活性的抑制剂（结构未报导） Basu等也通过一种基于酵母的实验成功筛选出四个具有生物活性的抑制剂。但是由于缺乏三维结构数据资料，抑制剂的结合模式还不清楚 另外一些利用虚拟筛选方法寻找先导化合物的研究也已经开展 Maroto M, Fernandez Y, Ortin J, Pelaez F, Cabello MA. Development of an HTS assay for the search of anti-influenza agents targeting the interaction of viral RNA with the NS1 protein. J Biomol Screen. 2008; 13: 581-90. Basu D, Walkiewicz MP, Frieman M, Baric RS, Auble DT, Engel DA. Novel influenza virus NS1 antagonists block replication and restore innate immune function. J Virol. 2009; 83: 1881-91. 研究的目的意义 由于NS1抑制剂的作用模式并不清晰，阻碍了采用计算机辅助药物设计的手段发现新的先导化合物。本研究在分子结构水平对已知的NS1抑制剂作用模式进行研究，为设计、筛选新的药物提供了重要的参考 分子动力学模拟 能量最小化 实验材料与方法 结果分析： 抑制剂结合能计算 抑制剂与关键氨基酸相互作用能计算 LibDock 实验材料与方法 抑制剂结构及其搭建 Basu D, Walkiewicz MP, Frieman M, Baric RS, Auble DT, Engel DA. Novel influenza virus NS1 antagonists block replication and restore innate immune function. J Virol. 2009; 83: 1881-91 DS2.1构建 ，加电荷，加力场， 能量最小化（SD、CG） 实验材料与方法 禽流感毒株： A/PR/8/34（PR）（NS1晶体结构PDB ID：2zko） A/WSN/33（WSN） A/HK/19/68（HK） 序列比对结果： 实验材料与方法 受体结构的准备： 删除RNA 加入水分子 100ps 动力学模拟 模拟结果取其能量稳定后势能最低 时的构象作为对接时受体的初始结 构 实验材料与方法 分子对接： 1.活性位点的设定： Arg35 Arg38 Arg46 Ser42 2.结果选取： LibdockScore 构象合理性分析 实验材料与方法 复合物动力学模拟： 在水溶液中进行：TIP3P 20? NaCl浓度：0.145 Simulation|Standard Dynamics Cascade protocol 首先优化整个体系，最陡下降法1000步，共轭梯度法1000步。优化完成后在2ps内体系温度从50K上升到300K，平衡态的模拟在300K的温度下进行160ps，每隔0.1ps进行一次取样，动力学40ps，采用PMF方法来计算体系的长程静电相互作用。分子动力学模拟在Dell PowerEdge 2900服务器上实现 实验材料与方法 1.结合自由能的计算 Discovery Studio2.1软件包中Recept