微生物基因组测序作图流程.pptx

微生物基因组测序作图流程;内容;微生物基因组DNA Survey服务;分析流程;质控;组装;组装后质控统计;非一致序列分析(K-mer分析和NT库比对）;细菌框架图;分析流程;中级生物信息分析;基因功能注释（ KEGG、SwissProt、COG库的比对）;细菌精细图;分析流程（中级分析或高级分析）;数据处理和质控参考Survey;组装结果评价;基因预测和基因注释参考细菌框架图;重复序列分析（ RepeatMasker 、 RepeatProteinMasker 、 TRF ）;ncRNA预测;细菌完成图;细菌群体进化分析;Core and pan genome构建和分析;SNP分析;InDel分析;进化分析;真菌框架图;分析流程;中级生物信息分析;真菌精细图;基因预测（Augustus、SNAP、GeneMark-ES、Glean）;真菌重测序;分析流程;单碱基深度和覆盖度分析（SOAPaligner2.20）;一致序列组装;SNP检测及其在基因组的分布;上图：SNP在每条染色体上的密度分布 左图：SNP在基因组上的分布;InDel的检测及在基因组的分布;结构变异(SV)检测及在基因组的分布;病毒_质粒_ BAC (fosmid_线粒体_叶绿体);个性化分析（可选）;共线性分析（需要近缘物种序列信息）;基因家族分析(需要近缘物种序列信息);变异分析(需