2014夏令营B教程详解.ppt

3.2.4 Overlap有向图建立算法分析 1） Overlap有向图建立 当子串越长，两个reads片段重复的概率越小，算法执行越快，但会使许多reads无法连接到一起。 另一方面，若越小，两个reads片段连接的概率越大，算法执行越慢，同时错连概率增大。 因此，将Overlap图的建立分为两步，先取子串长为30建立Overlap图，之后对无后继节点取子串长为10，完善Overlap图。 2） Overlap有向图建立结果 Matlab编程得到最后的44042×2的矩阵，第行第1列表示片段的后继片段，第2列表示与的最大重复度。 3.3 Contigs的建立 3.3.1分析： 基于 reads 之间的 overlap 有向图，拼接获得的序列称为 Contigs（重叠群），Contigs的建立是连接成更长碱基链的过渡环节。 3.3.2 模型建立 先列举10个片段进行说明，假设这10个片段建立了如下的Overlap图，第二列表示两个片段的最大重复度。 Overlap图说明：1的后继片段是7，7的后继片段是10，10没有后继片段。所以得出Contigs如下单链；2的后继片段是3，4的后继片段也是3，3的后继片段是5，5没有后继片段，所以得出Contigs如下分叉；6的后继片段是8，8的后继片段是9，9的后继片段是8，