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实时定量PCR实验故障排除
扩增曲线原始数据Spectra:各波长的原始信号
没有标准曲线没有标准曲线没有扩增曲线原始数据只有1个循环Spectra?只有1个循环的数据原因:1.收集数据的步骤只有一个循环,只收集了一个数据点2.电脑为了节省电源而休眠,通讯中断,1个循环后的数据丢失原因1:PCR参数设置错误原因2:硬盘休眠
从原始数据找原因从第1-第9个循环,ROX的信号升高并逐渐下降。在所设定的4-13基线范围内,ROX信号值是变化的,而FAM的信号值基本上是固定的,经过FAM/ROX的校正后,比值自然不相等,所以基线不是水平的直线,而有下滑部分。ROX的信号变化与所用试剂的质量有关。应该取10-20为合理的基线范围。
解决方法修改基线范围为10-20,重新分析。重新分析的结果基线范围取10-20,重新分析后的图谱。第1-9循环的信号为负数,由于试剂质量引起。增曲线分成两段扩增曲线断裂
?原因:基线的终点大于CT值,通常是因为模板DNA浓度偏高,CT值 15,而基线仍然取3-15,其中包含部分扩增信号,导致标准偏差偏大,阈值过高解决方法:减小基线终点,至CT值前4个循环,重新分析数据样品浓度跨度太大直线扩增曲线原因:探针部分降解V形扩增曲线V形扩增曲线V形扩增曲线扩增微弱或者信号很弱ROX信号不稳定
扩增曲线不光滑原因:信号太弱解决方法?使用高质量的探针?补救方法:1.7000的SDS软件升级到v1.12.关闭ROX校正,重新分析数据关闭ROX校正的效果ROX帮助故障诊断(1)现象:重复性很差
正常的原始数据原因:盖子未盖紧,溶液蒸发排除蒸发的数据后ROX帮助故障诊断(2)现象:山坡形扩增曲线原始数据显示有蒸发引物二聚体SYBR Green I?化学,Dissociation curve试验?推荐措施:提高引物设计质量,避免形成引物二聚体?补救措施:优化引物浓度和退火温度?也许:专设80度步骤收集信号?
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