复杂疾病研究思路精要.pptx

高通量测序 复杂疾病研究思路;复杂疾病：是在众多因素共同作用下发生的，如多个基因、一个基因的多个突变、环境作用以及未知的随机因素，遗传模式复杂。可以认为对于复杂疾病来说，每个基因影响有限，单独不足以致病，而且可能对于疾病既非充分也非必要。复杂疾病在普通人群中发病率较高（一般不少于1%），所以也叫“常见疾病”，如精神分裂症、双相情感障碍、糖尿病、癌症等。;心脑血管疾病（高血压、冠心病、卒中） 神经系统疾病（自闭症、帕金森、阿尔兹海默症） 代谢类疾病（糖尿病、甲亢） 呼吸系统疾病（慢阻肺） 自身免疫病（红斑狼疮、类风湿） ……;致病因素;研究方向;遗传易感性;遗传基础是由多基因构成的，它部分决定了个体发病的风险。这种由遗传基础决定一个个体患病的风险称为易感性。（因此学术界将遗传因素和环境因素共同作用决定个体患病某种遗传病的风险称为易患性。易感性+环境因素=易患性）;全基因组关联分析（Genome-wide association study，GWAS）是一种对全基因组范围内的遗传变异基因总体关联分析的方法，能够一次性对疾病进行轮廓性概览，适用于复杂疾病的研究。传统的GWAS研究以芯片技术为主，依赖于已知基因序列和杂交反应，往往遗漏重要信息，且可靠性、重复性差。近两年，利用高通量测序进行GWAS逐渐兴起。;患病人群;常见变异假说;高通量测序优势;Whole-Exome Sequencing Identifies Rare and Low-Frequency Coding Variants Associated with LDL Cholesterol Leslie A. Lange, Youna Hu, He Zhang, et al.;对2005个美国人（其中554个为低密度脂蛋白-胆固醇LDL-C水平最高307个和最低247个的2%内的极端个体）进行了外显子组测序。 Illumina测序平台双端76bp测序，平均测序深度为127X。 ;发现了LDL-C水平与PNPLA5基因中的罕见低频突变有关 证实了以往研究中通过传统GWAS方法发现的PCSK9、LDLR及APOB三个基因与LDL-C水平的关系，而且在这三个基因中发现了更多的相关位点。;文章通过关联分析找出了LDL-C相关的PNPLA5、PCSK9、LDLR及APOB基因上的变异，也侧面说明了利用外显子组测序进行GWAS分析比传统研究更高效更全面，发现更多编码区的相关位点。;Genome-wide association study implicates NDST3 in schizophrenia and bipolar disorder;Manhattan plot;Replication and meta-analysis;利用39个精神分裂症病人，36个躁郁症患者及44个正常对照的小脑组织进行eQTL研究发现， rNDST3的表达量明显相关，而NDST3编码一个硫酸乙酰肝素代谢过程中的关键酶。;对31个人, 20个恒河猴和16个大鼠海马组织进行转录组测序，发现所有人的r附近会产生一个新转录本，这个转录本与NDST3的一个内含子保留的剪接变体有高度同源性。;发生发展机制;Rare coding variants in the phospholipase D3 gene confer risk for Alzheimer’s disease;两个不相干的家族中共同出现了PLD3基因上的Val232Met变异，在大量数据库共4,998阿尔兹海默症患者及6,356 对照中进行的调查也发现阿尔兹海默症患者中存在多种形式的PLD3基因变异，这些变异增高阿尔兹海默症的患病风险。 ;PLD3蛋白通常在脑组织中高表达，尤其是海马和大脑皮层，而在阿尔兹海默症患者的神经元细胞中表达量则明显降低。 ;Jun，2014;正常对照样本中参与免疫过程的基因占10.1%，而在患病样本中则增长至18.3%，表明Graves‘?disease导致免疫应答增强；应激反应基因由6.8%增长至14.7%，代谢过程基因由47.3%降低至34.0%，推测是免疫应答增强的下游反应。;Graves‘?disease中最明显上调的基因??15个，包括6个HLA基因，4个细胞因子和趋化因子相关基因，4个生长合成相关基因及1个未知功能基因。;最为相关的通路为免疫应答，另外病原体感染、甲状腺生长、应激反应和第二信使信号通路的上调也较为明显，而这些高表达基因的互做网络显示，NFkB复合物可能是这些通路相互作用中的关键分子。;案例3;差异甲基化分析;差异甲基化分析;差异表达基因;关键基因;分子标志物;分子标志物是生物过程的指示物。根据分子标志物可以指示判断生物过程、发病过程以及治