系统发育分析方法资料.pptxVIP

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2016-11-28 发布于湖北
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系统发育分析方法资料.pptx

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刘芳 2015.12.11;系统发育分析常用方法 ;方法;/phylip/software.html;常见软件;;序列拼接;多序列比对;;比对前;MAFFT 7.0 online alignmenthttp://mafft.cbrc.jp/alignment/server/index.html;;;;PAUP软件使用流程（系统树构建）;1. 将比对后的fasta格式文件转换成Nexus格式 2. 将paup命令粘贴到Nexus文件下方，在命令程序中指定外群，保存。 ;;;;运行结果文件：;MP树;BT树;P-buffer 文件;;Page ? 26;MrBayes建树;/projects/mrbayes/files/ Version 3.2.2 fixes a number of bugs in previous releases of version 3.2. ;操作步骤;3. 修改刚刚粘贴的命令参看文件 ;4. Paup运行刚刚修改好的Nexus文件，得到SCORES文件 5. 将SCORES文件复制到MrModeltest2.3文件夹中，此时该文件夹包含以下文件：;6. 运行cmd ;得到txt文件;7. 打开刚刚得到的txt文件，从每一个txt文件中找到如下Bayes的模型：;8. 把得到的models复制到一个text文本中 9. 打开之前的NEXUS文件，删掉mrmodeltest命令, 粘贴bayes命令:;begin mrbayes; [This block sets up several different partitions that could be used in the analysis of this dataset] outgroup M_infuscans_CBS_869_96; [replace fungusX with your outgroup taxon] [When defining your charsets below, the characters must follow each other directly, e.g. 1-300, 301-500, 501-600 and not 5-300, 325-500, 530-600. You will excluded everything you do not want to include in the analysis (e.g. 1-4, 301-324 and 501-529 in the charset excludedcharacters line.] charset locus1 = 1-286; [replace the xxs with numbers reflecting the character spanning of your gene 1] charset locus2 = 287-605; [replace the xxs with numbers reflecting the character spanning of your gene 2] charset locus3 = 606-1159; [replace the xxs with numbers reflecting the character spanning of your gene 3] charset locus4 = 1160-1678; [replace the xxs with numbers reflecting the character spanning of your gene 4] charset excludedchars = 282-286 601-605 1155-1159 1674-1678; [list here all of the characters that you do not want to include. e.g. the bits between the loci] exclude excludedchars; partition AllLoci = 4: locus1, locus2, locus3, locus4; log start filename=mydata.log; end; begin mrbayes; outgroup M_infuscans_CBS_869_96; set partition= AllLoci; prset applyto=(1,2,4) statefreqpr=dirichlet(1,1,1,1); [This means locus1 and lo