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PAGE \* Arabic \* MERGEFORMAT16 / NUMPAGES \* Arabic \* MERGEFORMAT16 生物信息学课程设计报告 题目：用blast、clustalx2和mega来分析鼠伤寒沙门氏菌的四环素抗性基因 专业：生物技术 班级：11-2 学号：11114040235 姓名：邹炜球 指导教师：马超 广东石油化工学院生物工程系 2013年 12 月 21 日 摘 要  HYPERLINK /view/4579.htm \t _blank 生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集，处理，存储，传播，分析和解释等各方面的一门学科，它通过综合利用生物学，计算机科学和 HYPERLINK /view/3226.htm \t _blank 信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。本课程设计主要通过分析鼠伤寒沙门氏菌的四环素抗性基因来介绍生物信息学里面常用的数据库NCBI和一些常用的软件（如blast、clustalx2、Primer Premier 5和mega），由于生物信息学这一门课在生物研究领域所起到的作用非常大，所以熟练一些常用的生物信息学软件和数据库是非常有必要的。 关键词：NCBI、blast、clustalx2、Primer Premier 、mega、生物信息学、序列比对、系统发育树 目录 1绪论 4 1.1生物信息学的发展概况 4 1.2生物信息学的发展展望 4 2 课题设计内容 5 2.1以某一基因或蛋白为研究对象搜索一条序列（DNA长度为300-1500bp,蛋白质序列为100-500）及相关信息，并分别表示出他的GENBANK和FASTA格式 6 2.2以设计内容1为目标序列进行BLAST分析 7 2.3通过BLAST或相关软件下载8条基因或蛋白质序列 9 2.4以8条基因序列进行多序列比对 10 2.5依照设计内容4构建系统发育树 10 2.6以其中一条基因序列设计一条长度为200-500bp的一对引物 12 参考文献 16 1.绪论 2001年2月， HYPERLINK /view/34582.htm \t _blank 人类基因组工程测序的完成，使生物信息学走向了一个高潮。由于DNA自动测序技术的快速发展， HYPERLINK /view/1603921.htm \t _blank DNA数据库中的核酸序列公共数据量以每天106bp速??增长，生物信息迅速地膨胀成数据的海洋。毫无疑问，我们正从一个积累数据向解释数据的时代转变，数据量的巨大积累往往蕴含着潜在突破性发现的可能，生物信息学正是从这一前提产生的 HYPERLINK /view/67024.htm \t _blank 交叉学科。粗略地说，该领域的核心内容是研究如何通过对DNA序列的统计计算分析，更加深入地理解DNA序列，结构，演化及其与生物功能之间的关系，其研究课题涉及到分子生物学，分子演化及 HYPERLINK /view/487595.htm \t _blank 结构生物学，统计学及 HYPERLINK /view/92404.htm \t _blank 计算机科学等许多领域。生物信息学是内涵非常丰富的学科，其核心是 HYPERLINK /view/522657.htm \t _blank 基因组信息学，包括基因组信息的获取，处理，存储，分配和解释。基因组信息学的关键是读懂基因组的 HYPERLINK /view/117213.htm \t _blank 核苷酸顺序，即全部基因在染色体上的确切位置以及各DNA片段的功能；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行药物设计。了解 HYPERLINK /view/212150.htm \t _blank 基因表达的调控机理也是生物信息学的重要内容，根据生物分子在 HYPERLINK /view/131544.htm \t _blank 基因调控中的作用，描述人类疾病的诊断，治疗内在规律。它的研究目标是揭示基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律，解释生命的遗传语言。生物信息学已成为整个生命科学发展的重要组成部分，成为生命科学研究的前沿。 1.1生物信息学的重要研究课题1. 大规模基因组测序中的信息分析2. 新基因和新SNP的发现与鉴定3.非编码区信息结构分析4.遗传密码的起源和生物进化5.完整基因组的比较研究6.大规模基因功能表达谱的分析7.生物大分子的结构模拟与药物设计8.生物信息学