基因组学讲课教材.pptVIP

染色质和DNA修饰 韩兰春 2013年11月28日 主要内容 1、染色质，DNA的概念 2、组蛋白修饰种类及对基因表达的影响 3、DNA修饰种类及对表达的影响 4、染色质重构 回顾知识 染色质（chromatin）最早是1879年Flemming提出的用以描述核中染色后强烈着色的物质。 现在认为染色质是细胞间期细胞核内能被碱性染料染色的物质。染色质的基本化学成分为脱氧核糖核酸核蛋白，它是由DNA、组蛋白、非组蛋白和少量RNA组成的复合物。 根据着色的深浅染色质有常染色质和异染色质之分 DNA：即脱氧核糖核酸，是一种长链聚合物，组成单位称为四种脱氧核苷酸，也叫碱基。DNA是染色体的主要化学成分。DNA是一种分子，可组成遗传指令，以引导生物发育与生命机能运作。带有遗传信息的DNA片段称为基因。 常染色质与异染色质 1. 常染色质：基因表达活跃的区域，染色体结构较为疏松 2. 异染色质：基因表达沉默的区域，染色体结构致密 常规的染色质修饰 染色质化学修饰的类型 染色质化学修饰是指对染色质的组成成分，如DNA、RNA、组蛋白、非组蛋白进行化学基团的添加或去除的反应过程。 常见的染色质化学修饰方式有：甲基化-去甲基化，乙酰化-去乙酰，磷酸化去磷酸。除此之外，还包括泛素化ADP-核糖基化和二硫键形成等修饰方式。染色质中的组蛋白和DNA成分是最主要的化学修饰底物。目前，已在细胞中发现了一系列的染色质修饰酶类，这些酶不仅具有高度的位点特异性，而且对底物原有的修饰状态也有选择性。组蛋白的化学修饰位点通常位于其N-端或C-端尾区，极少数情况下（如H3-K79）位于内部；有些位点可发生双修饰反应；相邻位点的磷酸化修饰与甲基化修饰可能相互干扰 染色质中的组蛋白和DNA成分是最主要的化学修饰底物。 组蛋白的修饰 1、甲基化 组蛋白甲基化是由组蛋白甲基化转移酶(histonemethyl transferase，HMT)完成的。甲基化可发生在组蛋白的赖氨酸和精氨酸残基上，而且赖氨酸残基能够发生单、双、三甲基化，而精氨酸残基能够单、双甲基化，这些不同程度的甲基化极大地增加了组蛋白修饰和调节基因表达的复杂性。甲基化的作用位点在赖氨酸(Lys)、精氨酸(Arg)的侧链N原子上。 * Lys甲基化常发生在：组蛋白H3的第4、9、27和36位，H4的第20位。 * Arg甲基化常发生在:组蛋白H3的第2、l7、26位及H4的第3位。 组蛋白甲基化对基因表达的影响 研究表明：组蛋白精氨酸甲基化是一种相对动态的标记，精氨酸甲基化与基因激活相关，而H3和H4精氨酸的甲基化丢失与基因沉默相关。 相反，赖氨酸甲基化似乎是基因表达调控中一种较为稳定的标记。例如， (1)与基因激活相关的赖氨酸残基甲基化：H3第4位、第36位、第79位。 (2)与基因沉默相关的赖氨酸残基甲基化：H3第9位、第27位以及H4的第20位。 但应当注意的是，甲基化个数与基因沉默和激活的程度相关。 2．乙酰化 组蛋白乙酰化主要发生在H3、H4的N端比较保守的赖氨酸位置上，是由组蛋白乙酰转移酶和组蛋白去乙酰化酶协调进行。组蛋白乙酰化呈多样性，核小体上有多个位点可提供乙酰化位点，但特定基因部位的组蛋白乙酰化和去乙酰化是以一种非随机的、位置特异的方式进行。 乙酰化可能通过中和赖氨酸以及精氨酸的正电荷来增加与DNA的排斥力，以及通过相互作用蛋白的影响，来调节基因转录。早期对染色质及其特征性组分进行归类划分时就有人总结指出： 异染色质结构域组蛋白呈低乙酰化， 常染色质结构域组蛋白呈高乙酰化。 最近有研究发现，某些HAT复合物含有一些常见的转录因子，某些HDAC复合物含有已被证实的阻遏蛋白。这些发现支持了高乙酰化与激活基因表达、低乙酰化与抑制基因表达有关的看法。 组蛋白乙酰化增强基因转录机制 1）乙酰化转录因子，使之与DNA结合能力增强； 2）转录因子活化的结构域招募HATs复合物； 3）HAT复合物的乙酰化组蛋白，打开染色质； 4）转录激活； 5）HATs复合物中共激活因子被乙酰化修饰； 6）HATs复合物乙酰化之后离开，转录激活消失。 3．组蛋白的其他修饰方式 　　 相对而言，组蛋白的甲基化修饰方式是最稳定的，所以最适合作为稳定的表观遗传信息。而乙酰化修饰具有较高的动态，另外还有其他不稳定的修饰方式，如磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等等。这些修饰更为灵活的影响染色质的结构与功能，通过多种修饰方式的组合发挥其调控功能。所以有人称这些能被专识别的修饰信息为组蛋白密码。