分支肽段的理论图谱产生算法研究.doc

课题名称： 分支肽段的理论图谱产生算法 目　录 摘要…………………………………………………………………………ⅰ ABSTRACT ……………………………………………………………………ⅱ 第1章 前言…………………………………………………………………1 1.1 节标题………………………………………………………………X 1.1.1 小节标题……………………………………………………X (依此类推) 结论……………………………………………………………………………X 致谢……………………………………………………………………………X 参考文献………………………………………………………………………X 附录……………………………………………………………………………X摘　要 大规模的蛋白质和是蛋白质组学的重要内容。质谱法来发展起来的鉴定蛋白质空间结构和相互作用的新方法通过化学交联剂固定空间上相邻的氨基酸经过串联质谱图谱之后，与理论图谱进行对比，获得交联位点以及空间距离等信息从而蛋白质结构或确定出蛋白质相互作用。相比于传统的、X晶体衍射技术等在结构的鉴定中有很多的优势。 由于交联剂的引入，酶切之后获得的肽段将不再是简单的直链肽段，会出现分支肽段。这在离子碎裂中将会产生更复杂的信息传统的搜库软件将无法进行的鉴定。中理论图谱产生直接解决肽段鉴定中存在的问题。 各种交联产生分支形态和碎裂规律分支肽段的表示方法，基础一个肽段理论图谱产生算法。典型的数据集测试图谱产生算法并对结果进行了相应的分析。产生ABSTRACT Abstract. KEY WORDS: key words1, key words2, key words3, key words4 前　言 前言内容。①研究工作的目的，要解决的问题及主要观点；②研究工作的背景及已有文献的综述；③研究设想、方法和手段、实验设计、研究工作的界限和规模等；④本课题研究预期结果和意义。 蛋白质是重要的功能分子结构，是生命活动的主要承担者蛋白质的结构蛋白质的相互作用蛋白质的工作原理具有重要意义。蛋白质结构方面，一些传统的鉴定方法如nuclear magnetic resonance，NMR）、X晶体衍射技术X-ray crystallography）取得了显著的进步。这些方法仅仅对单纯的某种蛋白质具有很高的分辨率，对于复合物结构的鉴定却受到很大限制而且这类通常成本高，时间很长。 质谱技术 cross-linking coupled with mass spectrometry）简称CXMS技术，的质谱技术基础上，利用化学交联剂空间上相邻的氨基酸通过形成共价键使得两个氨基酸残基之间保持一定的相互作用。交联产物进行富集提纯之后利用蛋白（胰蛋白酶）酶切，将酶切后的送入液相色谱串联质谱中将产生不同碎片离子对应的质谱图。 交联质谱数据，由于碎片离子复杂，空间等原因，使用传统的搜库方法不能有效的鉴定对交联质谱鉴定主要是基于一级谱图进行，质谱仪的不断发展，基于二级谱图的交联肽段鉴定逐渐发展起来。这类方法主要两种思路一种是交联肽段考虑为直链肽段，从而将交联质谱鉴定问题转化为用搜库软件进行直链肽段的鉴定中去另一种是交联质谱的特点，对数据库进行预处理，专门用于交联质谱鉴定的程序。有很多专门的应用程序已经开发出来，如xQuest、crux、pLink等。首先分析普通直链肽段经过诱导裂解（CID）后产生碎裂离子a离子以及各种中性丢失离子等产生算法研究，系统调研化学交联质谱方法，对化学交联产生的的交联肽段规律进行总结，交联肽段碎裂模型，改写的理论图谱产生算法针对肽段的碎裂还考虑在（）下多碎裂事件产生的理论图谱情况构建了的理论图谱产生算法。Singh等人收集的细胞色素5和细胞色素P4502E1交联质谱数据集上测试表明交联分支肽段理论图谱产生，显著提高质谱谱峰与理论图谱的匹配数目，从而提高交联质谱鉴定的灵敏度对于利用交联质谱进行蛋白质结构分析具有重要意义。 针对交联引起的分支肽段的产生给传统鉴定的困难，通过搜库中理论图谱的产生算法，来提高交联肽段模式匹配的灵敏度，从而促进交联肽段图谱的注释解析。中充分考虑了交联肽段可能的碎裂离子信息，在典型数据集上测试相应的理论图谱产生算法，得到了较好的。第1章.1　引言 随着2003年人类基因组测序全部完成，生命科学的研究进入后基因组时代。 蛋白质组学(proteomics)是研究细胞或组织内所有表达的蛋白质的一门新兴学科。它的目的是通过系统地、定量地研究蛋白质在细胞、组织中的表达情况，来揭示基因的功能、蛋白质之间的关系以及生命过程的运行机制。其主要任务包括蛋白质序列鉴定、蛋白质修饰鉴定、蛋白质定量分析、蛋白质结构预测和蛋白质功能预测等问题，而确定出某种细胞、器官或组织在一定条件下表达出了哪些