第3章 蛋白质的共价结构.pptVIP

 同源蛋白质：来自不同生物体、 执行同一 /相似功能的蛋白质 同种蛋白质：来自相同生物体、 执行同一功能的蛋白质 1、同源蛋白质 二、蛋白质的AA序列与生物功能 （一）同源蛋白质的物种差异与生物进化 一百多个AA残基 MW约12.5×103 2 8个不变残基  细胞色素C的AA序列差异可用于核对各物种间的分类学关系以及绘制系统树/进化树。 2、细胞色素C与系统树 细胞色素C是真核细胞线粒体内膜上一种含Fe的蛋白质，在生物氧化中起传递电子的作用。通过植物、动物和微生物等数百种生物的细胞色素C一级结构的研究表明： （1）亲缘关系越近，AA顺序的同源性越大。 （2）尽管不同生物间亲缘关系差别很大，但与细胞色素C功能密切相关的AA顺序却有共同之处，即保守顺序不变 根据细胞色素 C的顺序种属差异建立起来的进化树 圆圈代表分歧点 1、氧合血红蛋白 （二）同源蛋白质具有共同的进化起源 该酶类活性中心的Ser残基起关键作用 胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、弹性蛋白酶、 凝血酶和纤溶酶 有序列同源性 对底物偏爱不同 2、丝氨酸蛋白酶类 卵清中的溶菌酶（lysozyme） α- 乳清蛋白（lactalbumin） ——三级结构很相似 也可能具有共同的祖先。 3、一些功能差异很大的蛋白质 （三）血液凝固与AA序列的局部断裂 凝血酶原 血液凝固：在凝血因子的作用下，可溶性的血纤蛋白原转变为不溶性的血纤蛋白网。 可溶性的 血纤蛋白原 酶 有活性的凝血酶 不溶性的 血纤蛋白网 （一）肽的人工合成 保护（氨基、羧基、侧链活性基团） 活化（氨基、羧基） 缩合剂 （二）胰岛素的人工合成（三）固相肽合成 三、肽与蛋白质的人工合成 * * * * （二）、末端氨基酸残基的鉴定 、 末端分析 2 C C末端AA α氨基醇 ② 还原法 硼氢化锂 肽链外切酶:从多肽链C-端逐个水解 根据不同反应时间释放出的AA种类和数量 蛋白质C-末端残基顺序。 四种羧肽酶：A,B,C和Y； A和B(胰脏)、C(柑桔叶)、Y(面包酵母) ∽A:除Pro/Arg/Lys/外所有C-末端AA残基 ∽B:只水解Arg和Lys为C-末端残基的肽键 ③羧肽酶法 （二）、末端氨基酸残基的鉴定 、 末端分析 2 C （三）、二硫键的断裂 盐酸胍/尿素解离多肽链间的非共价力。 应用过甲酸氧化法或巯基还原法拆分多肽链间的二硫键。 1、酸水解 （四）、氨基酸组成的分析 2、碱水解 1、酶解法: 内切酶：胰蛋白酶、糜蛋白酶、 胃蛋白酶、嗜热菌蛋白酶 外切酶：羧肽酶和氨肽酶 多肽链的选择性降解 （五）、多肽链的部分裂解和 肽段混合物的分离纯化 R1=Lys（K）和Arg（R） 专一性较强，水解速度快 R2=Pro（抑制） 肽链 水解位点 胰蛋白酶trypsin R1=Phe（F）、 Trp（W）Tyr（Y）等疏水性AA Leu、Met和His稍慢 R2=Pro（抑制） pH8-9 肽链 水解位点 糜蛋白酶/胰凝乳蛋白酶（chymotrypsin） 水解速度与相邻AA性质有关: 酸性：-/碱性：+ R2=Phe（F）、 Trp（W）、 Tyr（Y）、Leu（L）、Ile（I）、Met（M）、Val（V）及其它疏水性强的AA水解速度较快 肽链 水解位点 R2= Pro或Gly，不水解 R1或R3=Pro，抑制水解 嗜热菌蛋白酶（thermolysin) R1和/或R2＝Phe（F）、Trp（W）、Tyr（Y）、 Leu（L）及其它疏水性AA水解速度较快 R1=Pro（抑制） pH2 肽链 水解位点 胃蛋白酶Pepsin 肽链 水解位点 羧肽酶和氨肽酶 2、化学裂解法 ①溴化氰水解法(Cyanogen bromide) ——选择性地切割由Met羧基形成的肽键。 （五）、多肽链的部分裂解和 肽段混合物的分离纯化 多肽链的选择性降解 ②NH2OH断裂： 较专一性断裂Asn-Gly之间的肽键 Asn-Leu及Asn-Ala键也能部分断裂 3、肽段的分离纯化： 凝胶过滤、凝胶电泳和HPLC法 N-端分析法特点：能够不断重复循环，将肽链N-端氨基酸残基逐一进行标记和解离。 1、 Edman法 （六）、肽段