GenBank数据库检索说课.ppt

限定词 含 义 限定词 含 义 /rpt_family= 重复序列 /transposon= 转座子 /rpt_unit= 指明重复区域的重复元件构成 /variety= 获得序列的生物变种 /serotype= 同一物种的不同血清学特征 /pseudo 假基因 /sex= 获得序列的物种性别 /replace= 表明特性间的间隔序列已被替换 /specimen_vou-cher= 指明来源物种保存于什么地方 /rpt_type= 重复序列的组织方式 /strain= 获得序列的菌珠 /sequenced_m-ol= 获得序列的分子类型 /sub_species= 获得序列的来源物种的亚种 /serovar= 同一原核生物的血清学特征 /tissue_lib= 获得序列组织库 /specific_host= 获得序列的天然宿主 /transgenic 指明物种的来源特性是否是转基因受体 /standard-name= 特性的通用名称 /transl_except= 标明序列中未按指定密码子表翻译的氨基酸的位置 /sub_clone= 获得序列的亚克隆 限定词 含 义 限定词 含 义 /sub_strain= 获得序列的来源微生物亚种 /tissue_type= 获得序列组织类型 /translation= 按通用或指定的密码子表翻译的氨基酸序列 /transl_table= 描述在翻译中与通用密码表不同的密码表 /usedin= 表明该特性在其他检索中也被使用 /virion 病毒颗粒 GenBank和PubMed(序列数据)检索的比较： 1、GenBank的检索结果是序列及其注释信息； PubMed的检索结果是与序列数据相关的文献信息。 2、GenBank数据更新早于PubMed，GenBank数据库的检 全率高于PubMed。 3、GenBank可对序列数据进行限制检索，而PubMed只能对文献、杂志、作者等进行限制检索，因而GenBank数据库的检准率也高于PubMed。 课后练习 用 GenBank 数据库搜索 ”SARS coronavirus BJ01” 的全基因组序列信息并下载保存，查询该基因所产生的蛋白质序列信息。 用BLAST模块对该基因序列进行相似性搜索。 谢 谢！ * 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （四）范围检索 （三）序列长度检索 范围检索：中间用冒号连接 1、序列接受号范围检索： AF114696:AF114714[ACCN] 2、序列长度范围检索： 3000：4000[SLEN] 3、日期范围检索： 2005/01：2006/09/26[MDAT]or[PDAT] 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search） 检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard） 详细匹配过程（Details） 限制检索 高级检索 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 排除某种类型的序列 限制分子类型 限制基因位点 限制序列片段的显示 限制数据来源 限制数据发布日期 限制数据修订日期 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search） 预检索输入框 添加检索词 索引检索 预检索结果 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search） 检索史管理（History） 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search） 检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard） 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search） 检索史管理（History） 详细匹配过程（Details） 剪贴板管理（Clipboard） 简介 检索入口 基本检索功能 特征栏辅助检索 检索结果的显示 序列相似性搜索 启动相似性搜索 输入序列号 选择搜索的数据集 点击开始搜索 相似性序列信息 GenBank记录中特性表中的主要关键词: 关键词 解 释 关键词 解 释 misc_feature 生物学特性无法用特性表关键词描述的序列 promoter 转录起始区 misc_difference 序列特性无法用特性表关键词描述的序列 CAAT_signal 真核启动子上游的CAAT盒,与RNA结合相