第七章基因组学及相关组学说课.pptVIP

第七章 基因组学及相关组学 概 述 基因组学（genomics）是指对整个基因组的结构、结构与功能的关系以及基因之间相互作用进行探索的一门科学。 后基因组学：由基因组学发展而来的一系列学科。包括功能基因组学、转录组学、蛋白质组学、比较基因组学、糖组学、代谢组学等。 第一节 基因组学 Genomics 一、人类基因组计划的主要研究内容 （一）简 介 （二）主要研究内容 HGP的研究内容是要完成四张图谱：遗传图、物理图、转录图和序列图。 1、遗传图谱： 遗传图谱（genetic map）是以具有遗传多态性的遗传标记作为“位标”，以遗传学距离作为“图距”所作出的基因组图谱。 遗传学距离通常用“分摩尔根(cM)”表示 2、物理图谱 物理图谱（physical map）是以一段已知碱基序列的DNA片段（碱基序列具惟一性）作为“位标”，以DNA分子的实际长度作为距离所作出的基因组图谱。 3、转录图谱 转录图谱（transcriptional map）是以已知的基因表达序列作为“位标”，以DNA分子的实际长度作为距离所作出的基因组图，即基因表达序列图。 转录图谱 4、序列图谱 序列图谱（sequence map）即指完整的人类基因组DNA碱基序列图谱。 三、HGP数据的利用 人类基因组计划的研究成果是全人类的公用资源，人类基因组计划所完成的人类基因组全部染色体DNA的碱基序列数据主要上载于美国国家生物技术信息中心（NCBI）的数据库网站上，供全世界生物医学工作者免费检索。 /genome/ 二、HGP在医学中的意义 通过对基因结构与功能的研究，推动了在分子水平上对各种生理功能的认识。 推动了基因医学的发展：基因诊断、基因治疗、个体医药，基因工程药物。 推动了模式生物基因组的研究。 促进学科交叉与重组：功能基因组学和蛋白质组学的建立。 模式生物 生物学家通过对选定的生物物种进行科学研究，用于揭示某种具有普遍规律的生命现象，此时，这种被选定的生物物种就是模式生物。 随着人类基因组计划的完成和后基因组研究时代的到来，模式生物研究策略得到了更加的重视。我们无法直接用人体作为实验对象。但是，生物是从共同祖先演化而来的，所以对生命活动有重要功能的基因在进化上是保守的，也就是说，这些基因的结构和功能可以在其它合适的生物中去研究，同样人类的生理和病理过程也可以选择合适的生物来模拟。 常用模式生物 第二节 功能基因组学 Functional Genomics 一、概 念 功能基因组学（functional genomics）研究基因组中所有基因的功能，它从整体水平上研究某种组织或细胞在同一时间或同一条件下所表达的基因的种类、数量及功能，或同一细胞在不同状态下基因表达的差异。 二、研究内容 1、 基因表达谱的研究 基因表达谱是指某种细胞在特定条件下所表达的全部基因的种类和数量。 2、基因产物-蛋白质功能的研究 通过基因重组并进行体外表达其蛋白质以确定基因的功能。 3、基因组多样性的研究：研究不同个体之间的基因组差异。 4、疾病相关基因的再测序。 5、寻找人类基因共同变异型：对不同人种不同人群的基因进行分型研究。 6、基因组功能的注释 利用生物信息学手段，高通量地注释基因组所有编码产物的生物学功能。 三、研究方法 1、基因芯片技术 2、基因表达分析系统（SAGE） 将细胞内所表达的mRNA逆转录为双链cDNA后，获取不同cDNA的序列标签并进行连接和扩增，再分析其表达模式图。 基因芯片 基因表达分析系统（SAGE）： 第三节 蛋白质组学 Proteomics 一、概 述 蛋白质组学（proteomics）是指在亚细胞、细胞、组织或器官的整体水平上，研究其蛋白质组成及其活动规律的一门科学。 二、蛋白质组学研究方法 双向电泳分离技术、生物信息学处理技术以及蛋白质鉴定技术被称为蛋白质组研究的三大技术。 1、双向电泳技术 利用蛋白质分子所带电荷及分子量的不同，将混合的蛋白质样品首先置于IPG胶上进行等电聚焦（IEF）分离，然后再置于变性聚丙烯酰胺凝胶（SDS）上进行分离。 双向电泳示意图 双向电泳图谱 2、 生物质谱与蛋白质鉴定 对已知蛋白质的鉴定主要根据其属性参数，如分子量、等电点、氨基酸组成、肽序列标签及肽质量指纹图谱等，在生物信息数据库中进行检索进行鉴定。也可以利用生物质谱技术进行鉴定（更准确）。 生物质谱技术：利用荷质比不同的样品原子或分子在电场和磁场的共同作用下可以聚焦在不同的位点的原理测定蛋白质的分子量和电荷数，以此来鉴定蛋白质的方法。常用的技术有肽质量指纹谱鉴定技术和肽序列标签串联质谱鉴定技术 串联质谱仪 三、蛋白质组数据库 进行蛋白质组学研究广泛使用的生物信息数据库主要是Swiss