NCBI站点的一般-教育部网上合作研究项目首页概述.ppt

NCBI站点的一般介绍及其它资源库的介绍 GenBank Overview 生物信息学站点地图 其它资源库的介绍 国际核苷酸序列数据库合作组织 ? GenBank由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研究院下属国立生物技术信息中心建立，与日本DNA数据库（DNA Data Bank of Japan ,DDBJ）以及欧洲生物信息研究所的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（ European Molecular Biology Laboratory, EMBL） 一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。 GenBank，DDBJ，and EMBL,所有这3个中心都可以独立地接受数据提交，而3个中心之间则逐日交换信息，并制成相同的充分详细的数据库向公众开放。因此他们是相等的。 什么是GenBank？ GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸序列。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。 每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。 这些文件按类别分为几组：有些按照系统发生学划分，另外一些则按照生成DNA序列数据库的直接提交。这些作者将序列数据库作为论文的一部分来发表，或将数据库直接公开。 GenBank GenBank是一个有13亿碱基，来自于100,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。 ?遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 访问GenBank 通过Entrez Nucleotides来查询。 用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。 关于Entrez更多的信息请看下文。 用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。 用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。 纪录样本 每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RNA片段。 这些文件按类别分为几组：有些按照系统发生学划分，另外一些则按照生成DNA序列数据库的直接提交。这些作者将序列数据库作为论文的一部分来发表，或将数据库直接公开。 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。 ? DDBJ/EMBJ/GenBank特性表（见讲义或网络课件） 特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。 数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。 GenBank普通文件格式 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。 ?ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。 ?分子数据库概览 核酸序列 ?Entrez核酸 — 用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。 ? ?Entrez基因组 提供了一个编码区的概要和各种物种的分类表（TaxTable）。 编码区概要列出了在基因组中所有的的蛋白，并提供链接到FASTA文件和BLAST。 分类表总结了蛋白BLAST分析的结果，建议他们的可能功能，并用颜色编码的图来显示物种同其它物种之间的关系 。? BLAST 将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似的序列。（更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分） ? BLAST 查找 BLAST指南 BLAST 程序对数据库搜索进行大量的改良，提高了搜索速度，同时把数据库搜索建立在了严格的统计学基础上。 局部比对的限制条件不包括空位。这个限制条件对应用Karlin—Altschul统计学极为有利，另一方面，既然空位没有明确地放在模型中，结果就不会像人们期望的那样接近于期望的比对。这并不是说插入确实会妨碍匹配，在大多数情况下，比对仅仅会