第五章序列比较与系统发育分析分析.pptVIP

主要内容 §5.1　概述　 §5.2　序列比对 §5.3　系统发育分析 一、序列比对的概念 Clustalx窗口 点击File下拉菜单中 Load sequences选项， 打开序列文件17-RNASE1.fasta.txt (该文件一定要与ClustalX.exe在同一目录下，格式可以是*.fasta 或*.txt） **路径必须是英文路径。 如果路径中含有中文，则会显示文件无法打开（Cann’t open file)的信息. 序列文件打开后的界面 点击进行多序列比对 保存比对结果，生成×.aln文件 比对结果 ‘*’‘:’和空格依次代表该点的序列一致性由高到低 §5.3 系统发育分析 一、系统发育分析 系统发育分析（Phylogeny)：就是根据同源性状的分歧来评估物种或分子之间的进化关系。 表示方法：常用分支图（即系统树或称进化树）来描述。 　　进化论表明：任何物种之间都存在一定的亲缘关系，亲缘关系可以用进化分支树表示。在分支树上距离越远的物种，它们在进化中的亲缘关系也就越远。 系统树 genealogical tree，phylogenetictree，（也称进化树，演化树，谱系树）认为生物各种族的系统关系有如树状，可用图来表示其状态，此称为系统树。由海克尔（E．H．Haeckel）1872年提出。他制成了动物界和植物界全部的系统树，给予生物学以很大的推动。 也有学者认为生物的系统关系不一定是树状的，把系统的图解（diagram）称作系统树也是不恰当的。但是，时至今日系统树仍广泛受到认可。 两种观点： （1）化石证据（最理想的方法：化石！—— 然而…零散、不完整） (Fossil) （2）比较形态学证据(Comparative morphology)/ 比较生理学证据 (Comparative physiology) 经典的进化研究方法 系统学(Systematics) 分类学(Taxonomy) 三种研究方法 比较形态学和比较生理学：确定大致的进化框架。—— 然而，细节存在巨多的争议 （3）第三种方案：分子进化 1964年，Linus Pauling提出分子进化理论； DNA RNA: 4种碱基；蛋白质分子：20种氨基酸； 发生在分子层面的进化过程：DNA, RNA和蛋白质分子； 基本假设：核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息； 现代的进化研究方法 相比那些基于传统的解剖学或形态学字符的系统发育研究，分子系统发育所含的信息非常丰富。这是因为它们范围更广（例如，可以用蛋白质序列比较开花植物和哺乳动物，但不能用形态学字符来比较它们），可以选择的序列种类也很多（即多种字符），数据处理是一致且客观的。 分子系统发育分析的优点 比起许多其它学科而言，用计算的方法进行系统发育分析很容易得到错误的结果，而且出错的危险几乎是不可避免的；其它学科一般都会有实验基础，而系统发育分析不太可能会拥有实验基础，至多也就是一些模拟实验或者病毒实验（Hillis et al., 1994）；实际上，系统发育的发生过程都是已经完成的历史，只能去推断或者评估，而无法再现。 分子系统发育分析的缺点 怎样的图才是系统树： 1）系统树由节点、树叶和树枝构成。 2）没有回路。 系统树分两类： 有根树（rooted tree) 无根树（unrooted tree） 有根树 无根树 系统树的构成要素 关于“有根树与无根树”： 1　由于生物都存在共同的祖先，所以进化树应该有根的。但由序列数据产生的进化树既可以有根，也可以无根。 2　分析有根树和树枝的长度，可以了解不同的物种或基因是以什么方式和速率进化的。 在于找出分类单元中哪一分类单元是其他序列的共同祖先，或哪一对分类单元最早从共同祖先中分离出来。 系统树分析的困难： 系统树分析的目标： 对于给定的分类单元数，有很多棵可能的系统树，但是只有一个是正确的，系统树分析的目标就是要寻找这棵正确的树。 二、系统发育分析基本步骤 1　分子序列或特征数据分析,产生距离或特征数据，为构建系统树提供依据 2　系统树的构建 3　系统树的评估 三、系统树构建方法 1 距离法（distance method) 　是一种纯数学算法，该法首先将数据转变为距离数据。 又包括平均距离法（UPGMA法）、NJ（Neighbor-Joining，邻接法）、ME法（Minimum Evolution，最小进化法）。 2 最简约法（Maximum parsimony ,MP) 　寻找具有最短树长的树，即进化步数最少的树，应用最　广泛的系统树构建方法。（主要用于近缘序列） 3 最大似然法（maximum likelihood,ML) 　基于基因频率的系统树。 （对于远缘序列，一般用NJ或ML ） 建树方法