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计算化学方法确定天然产物绝对构型 计算ECD，VCD和OR的比较 手性分子的旋光性 手性分子的旋光性主要变现为对左右偏振光的影响，主要有以下几个方面 1. 旋转角度改变——旋光值（OR）。 2. 摩尔吸收系数的差别（按照吸收光的波长范围的不同又可分为两种情况） 2.1 可见和紫外光的吸收（与分子内电子能级跃迁有关）——ECD。 2.2 红外光的吸收（与分子振动和转动有关）——VCD。 3. 散射截面的差别——拉曼光谱（ROA）。 旋光性的计算 计算公式 OR ECD VCD 一般计算过程 构象搜索 （MM 和 QM方法） 各个构象的小基组优化和能量计算 结合能量和NOE实验的结果确定最可能的一系列构象 进一步采用大基组进行结构优化和能量计算 将以上得到的构象进行各种分子性质的计算 根据Boltzmann Weighting进行权重分析，并拟合得到最终的分子性质（如旋光值等） 将得到的计算结果与实验结果进行比较判断 获取初始结构 输入文件中的分子坐标 获取方式： 晶体数据转化 通过标准键长、键角、二面角等数据直接录入 通过分子图形软件获取 分子坐标的形式： 笛卡尔坐标 内坐标 常见软件中分子坐标的形式 # HF/AM1 opt test H2O Gaussian 09 内坐标 0 1 O 0 -7.948093 0.314000 0.000000 H 0 -8.763889 -0.157000 0.000000 H 0 -7.132297 -0.157000 -0.000000 1. 构象搜索 构象(conformation)：在没有改变化学键的条件下发生的分子形态变化，可以是单键旋转而形成原子空间排列状态变化。 在实际体系中，化合物分子以无数个构象体(conformers)存在，且处于快速平衡状态。 影响构象状态的因素：单键旋转时的扭转张力、角张力、立体张力，未结合基团间的氢键、偶极、共轭等作用。 构象异构体之间的能量差约为：4~42 KJ/mol。 优势构象：能量较低且在平衡体系中比例较高的构象。 禁阻构象：能量上不可能存在的构象。 1. 构象搜索 势能面(Potential Energy Surface)：由势能对全部原子的可能位置所构成的一个超平面，其中原子的位置可以用3N-6个坐标来表示。 1. 构象搜索——方法 分子力学方法(Molecular Mechanism, MM) 系统搜索法(Systematic search) 随机搜索法(Random search) 分子动力学方法(Molecular Dynamics, MD) 模拟淬火法 (Quenched Annealing) 模拟退火法 (Simulated Annealing) Monte Carlo法 量子化学方法(Quantum Chemistry, QC) 系统搜索法 链状结构部分：对任何可旋转键，按照一定间隔的二面角旋转 （grid search）。 环状结构部分：断开其中的一根键，再按照链状的搜索方法进行搜索，最后将做的构象根据断开键处两个原子间距是否能成键作为筛选标准。 对于环状结构部分和链状结构的搜索，在不同的计算软件中都做了相应的较多优化，例如检查空间位阻、拐角摆动算法、采用固定模板搜索、对称性限制等，从而加快搜索时间，提高搜索效率。 常用软件：MULTIC, CONFLEX, CONFIRM, SYBYL。 随机搜索法 理论上只要搜索足够的数目，可以得到全局极小。 主要三步骤： 选取初始构象：一般选择已优化好的构象，或者是上次找到的最低能构象。 改变分子坐标：可通过改变笛卡尔坐标的XYZ坐标的值和改变内坐标的角度这两种方式来实现。 停止搜索：其标准为没有新构象产生，即同一构象产生多次时即可停止。 常用软件：RIPS, MCMM, Cerius2 模拟淬火法 高温动力学和能量优化结合的方法，使用MD可升到高温(600~1200K)，从而克服分子各构象间的势垒，是分子在各种可能的构象中自由转化。 具体设置： 升温过程：5~10 ps 高温下模拟时间：100 ps 过程： 选择力场，构建分子 设置分子动力学参数 设置保存的文件 (Snapshots) 设置监视的内容 开始运行，监视内容保存为CSV文件 运行结束，使用回放功能 (playback) 观看结果 选择存储的数据进行优化 总结结果 模拟退火法 为了克服模拟淬火动力容易陷入区域极小点的缺陷，可将升高的体系温度降至室温或更低的温度 (0K)，从而可以得到能量相对比较