计算学(第一性原理_密度泛函理论_分子动力学)-md剖析.pptVIP

均匀电子气体系的定义 均匀电子气体系完全由其电荷密度来表示，同时也可定义一个只包含一个电子的球体的半径 Exc [n]与交换关联项的关系 Exc [n]是由于电子间交换和关联相互作用带来的能量变化 空间某点的Exc [n]值，通过对其周围空间的各点积分得到 在每个电子周围会产生所谓的 X-C hole, 即在其周围其他电子密度将减少 电子间的相互作用包括泡利排斥，简并能， 库仑能等 蒙特卡罗方法得到的Si 的x-c Hole 三种方法 LCAO—利用分子和原子轨道展开波函数 速度Verlet算法 1982年Swope提出 相比前面两种，速度Verlet算法精度和稳定性最好。 预测校长算法 在相同的时间步长获得较高的精度 根据新计算的位置，重新计算受力，对速度和位置进行校正 对 势：勒让-琼斯势 勒让-琼斯势（L-J 势） 根据量子理论，极化 效应产生的相互作用，求出n=12 最简单的相互作用势，可以适用于惰性气体，也由于钼，钨等体心立方 多体势：嵌入原子法（EAM） 多体系相互作用：总势能分为两个部分 --一部分为晶格点阵上的原子间相互作用对势 --另一部分是原子镶嵌在电子云背景的嵌入能，代表多体作用 第一项为晶格点阵上的原子间相互作用对势，第二项原子镶嵌在电子云背景的嵌入能，代表多体作用 f是第j个原子核外第i个原子产生的电子云密度之和 多体势：Finnis和Sinclair势 1984年，根据金属能带紧束缚理论，发展一种数学上等同于EAM的势函数。 多体势大都用于金属微观模拟 共价晶体作用势（1） Stillinger-Weber 势能 --对于Si，Ge等半导体，其键合强度依赖于周围原子配置，表达形式： 其中， 共价晶体作用势（1） Abell-Tersoff势 --Abell根据赝势理论提出了共价键结合的原子间作用势，适用于C,Ge，Si 其中， 力 场 在分子力学中，势函数常称为力场。一般体系的势能由分子内相互作用和分子间相互作用之和。分子内相互作用包括键伸缩势能，键弯曲势能，双面扭曲势能。分子间作用能包括库仑静电能和范德华键能。 键伸缩势能 键弯曲势能 双面扭曲势能 力 场 库仑静电能 范德华键能 离平面振动势 几种力场： --MM力场， Allinger等发展， 适用于各种有机物 --AMBER力场， 适用于较小蛋白质、核酸、多糖等 --CHARM力场，哈佛大学发展，适用于小的有机分子，溶液，聚合物等 分子间作用势 将分子整体看作一个刚性椭圆体或者柱型模型，把分子作为若干联合原子构成的所谓空心颗粒模型 --Gay-Berne势采用旋转椭球表示分子，其势函数形式类似L-J 势 微观状态与宏观性质 分子动力学得到的是大量的微观量 微观量相对应当宏观量是一定宏观条件下所有运动状态平均值 那么怎么样将分子动力学的这些微观状态与宏观量联系起来？ 统计力学的知识：什么叫玻尔兹曼分布？ 什么叫微正则系综？怎么把粒子的集合和这些概念联系起来？ 第二节 分子动力学性能分析 微观状态 玻尔兹曼、波色、费米系统 分布和微观状态 系综理论 分子动力学中求宏观量 各种系综的在分子动力学中实现 微观状态的描述 系统自由度为r --r 个广义坐标， q1, q2, q3, q4, …qr --r 个广义动量， p1,p2,p3,p4,…pr 用2r个变量可以组成一个2r维空间，我们成为μ空间，粒子系统在某一个时刻的力学状态表示为（q1,…qr;p1…pr;) 可以用μ空间一点表示 例子 --一维自由粒子： x，Px x (1, L) Px (-∞, + ∞) --3维的自由粒子， μ空间是6维 --N个自由粒子， μ空间是6N维 玻尔兹曼、波色、费米系统 经典物理中，粒子有轨道，可以被跟踪，可以被辨认；两个粒子交换后，微观状态不一样。 量子物理中, 粒子没有轨道，不可以被跟踪，不可以被辨认；两个粒子交换后，微观状态一样。 微观粒子是量子力学描述， 但是一定极限情况下经典统计还是有用的。 态1 态2 态3 AB AB AB A B B A A B B A A B B A 玻尔兹曼系统 态1 态2 态3 AA AA AA A A A 波色系统 态1 态2 态3 A A A A A A 费米系统 分布和微观状态 一个系统，El表示粒子的能级，Wl表示能级El的简并度。 能级 E1 E2 E3 E4 E5…El 简并度 W1 W2 W3 W4 W5 …Wl 粒子数 a1 a2 a3 …al E1 上有a1个粒子， E2上有a2 粒子，E3上有a3个粒子。。。 可以表示为{al}数列： {a1, a2, a3, … al} 称为一个分布 分布与微观状态之间的关系： 1 分布只