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基因本体论(Gene Ontology)概览 报告：孔垂亮 导师：高 琳 日期：10/09/27 为什么要建立Gene Ontology 解决生物学定义混乱的现象，使各种数据库中基因产物功能描述相一致 使得在不同生物数据库中的查询具有极高的一致性 允许在各种水平查询基因产物的特性 GO(gene ontology)是: 基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库，旨在建立一套适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义(terms)词汇标准。 GO语义的分类 分子功能(Molecular Function) 描述在个体分子生物学上的活性，如催化活性或结合活性。 生物学过程(Biological Process) 由分子功能有序地组成的，具有多个步骤的一个过程。 细胞组件(Cellular Component) 指基因产物位于何种细胞器或基因产物组中(如糙面内质网，核糖体，蛋白酶体等)，即基因产物在什么地方起作用。 语义信息 id: GO:0043473 name: pigmentation namespace: biological_process def: The deposition or aggregation of coloring matter in an organism, tissue or cell. [GOC:krc] synonym:None is_a: GO:0008150 语义之间的关系 is a、part of 语义关系之间的推导 is a· is a → is a part of·part of → part of 语义关系之间的推导 part of·is a → part of 与is a·part of → part of 基因产物的注释 由参与合作的数据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注释 注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物过程，定位等 注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据 AmiGO GO的应用 GO的局限性 GO 不是基因序列或基因产物数据库，相反的，GO强调基因产物在细胞中的功能。 GO不能反映此基因的表达情况 用于基因组分析 用于基因表达分析 GO可能的应用 GO可能的应用 整合来自于不同生物的蛋白组信息。 判定蛋白结构域的功能。 找到在疾病/衰老中异常表达的基因的功能类似性。 预测与一种疾病相关的基因 分析在发育中同时表达的基因 建立起自动的能从文献中获取基因功能信息的工具。 * Gene Ontology widely adopted AgBase (细胞质) (细胞器) (线粒体) (细胞器膜) * *