第九章海洋分子生态学概述.pptVIP

目录 导论 海洋分子生态学就是用分子生物学的原理与方法在分子水平上研究海洋中的生态学问题。 对于海洋资源环境问题，微型生物的生态过程有着特殊的意义。以分子生物学技术研究海洋微型生物的生态适应和生态功能，极大地促进了海洋生态领域的发展。 原绿球藻—二乙烯基叶绿素 细胞结构 生理特征 原绿球藻自然生态学 原绿球藻的分子生态学 中国海的原绿球藻生态学 聚球藻的细胞生理学 聚球藻的自然生态学 聚球藻的分子生态学 聚球藻的分子生态学 中国海的聚球藻生态学 海洋细菌生态学研究 主要类群 异养细菌在海洋生态系统中的作用 中国海异养细菌生态学 DGGE和TGGE技术应用中应注意的方面 DGGE和TGGE在微型生物生态学研究中的应用 16SrRNA基因序列的扩增分析 末端限制性片段长度多态性分析 环境基因组学技术 原位PCR技术 DGGE和TGGE的原理： DGGE 是用尿素和甲酰胺等变性剂配制不同浓度梯度的凝胶，不同Tm值的DNA在不同浓度的变性剂条件下部分解链，导致分子构象发生改变，从而影响其电泳迁移率，最终形成位置不同的条带。TGGE是以DGGE的原理为基础，只是利用温度梯度将不同Tm值的各型DNA加以区分。 注意事项 GC-clamp DGGE/TGGE 条带的显色 DNA片段的 解链行为 1 研究微生物种群结构及其动态变化 提取DNA，以DNA为模板PCR扩增16SrRNA基因片段，将混合的PCR产物进行DGGE或TGGE，得到有不同位置组成的DGGE、TGGE指纹图谱 2 研究有代谢活性的微生物群体结构 DGGE 、TGGE被用于研究生态环境中有代谢活性微生物的种群结构以及与总微生物群体结构间的比较 3 检测rRNA基因的异质性用 16SrRNA基因序列数据估测生物多样性、构建系统进化树以及设计种属特异性探针时要考虑16SrRNA基因序列的异质性 产物克隆 RFLP筛选 分析和测序 引物 制备模板 Your Text PCR扩增 有效地和目标DNA 片段杂交并获得 预期的扩增片段 限制性酶切分析 前期处理 该技术可有效地确定微生物的进化和分类的地位 有效地遏制DNA的污染 构建克隆文库 实验方法 T-RFLP技术是将PCR(聚合酶链式反应)、RFLP（限制性 片段长度多态性）技术、毛细管电泳技术和DNA测序技术 相结合的一种全新、有效的微生物群落结构的分析方法 T-RFLP实验的主要流程 提取DNA 荧光标记的引物进行PCR扩增 纯化浓缩PCR产物 消化PCR产物 凝胶或毛细管电泳分离酶切产物 * * * * * * 第九章海洋分子生态学 李永峰 教授 刘瑞娜 研究生 海洋分子生态学导论 1 我国的海洋微型生物 2 海洋细菌生态学研究 3 主要分子生物学技术 4 以培养海洋微藻的K培养基培养。 特点：以EDTA作为鳌合剂，且不含铜 分离与培养 PR02培养基 很有效的分离培养基 球状,分裂前的细胞呈棒状,革兰氏阴性细胞壁, 细胞质包含DNA、核酮糖-1，5-二磷酸羧化 酶／加氧酶、羧酶体及糖原小粒,具有类囊体 周期：具有彼此分离的S期、Gl期和G2期 分子细胞生物学特征：基因组大小与真细菌 的基因组大小相近，G+C）含量低 原绿球藻具有独特的色素组成——二乙烯基 叶绿素，还含有α-胡萝卜素、玉米黄质及一 种类似叶绿素c的色素 光合 营养 温度 氮源：不利用硝态氮 磷：限制性的营养元素之一 铁：“高氮低叶绿素”？ 原绿球藻生长最好的水层随营养盐跃层的变化而变化 对光强敏感 细胞分裂受温度的严格控制 丰度高峰出现于夏秋季，丰度低谷出现于冬春季；表现在丰度和深度的分布 分布范围广泛、数量极大；主要栖息地大洋贫营养海区；受海水温度的调控 垂直分布类型随地理位置、季节及水文条件的变化而表现出差异，随氮跃层变化 自然地 理分布 季节变 动规律 垂直分 布特征 从分子遗传学水平揭示其不同株系 之间的细微差别，MED4与MIT9313 明显的昼夜节律，DNA复制 发生在傍晚时，细胞分裂 在夜间完成 碳、氮、磷、铁的代谢 光的可得性，随 水深垂直变化的 多样性大于水平 分布的多样性 不同生态型的基因组比较 细胞分裂及DNA复制的分子生物学 原绿球藻营养分子生态学 原绿球藻的光适应及分子生态学 原绿球藻在中国海区的大量存在 （1）分布及动态变化 三种显著不同的类型：东海，丰度在表层上最大，向下逐渐减少；南海的深海区域，丰度极大值存在于表层以下；东海黑潮水域，垂直分布无明显的最大值层 （2）生态地位 原绿球藻是超微型自养生物中碳生物量的主要贡献者，高增长速率，营养物质循环和能量流动中扮演着重要角色。 （3）分子生态学 南海原绿球藻遗传多样性非常丰富 聚球藻 聚球藻(Synechoco