高通量数据处理的一些经验和建议程序.doc

高通量数据处理的一些经验和建议 最近一年时间里收到很多同学和朋友关于454数据处理的询问，通过QQ，微信，人人网和邮件等各种途径，当然不少也是面对面的讨论。这些同学和朋友包括同组的，跨组的，同所的，跨所的，其他大学的，来自北京的、南京的、广州的、西安的，甚至也有国外的中国朋友。有些朋友我素未谋面，也不知长相如何，不知男女。有时候同一天能收到五六份邮件，问题之五花八门，有时已经超越了我所能够解答的范围。 　　这些现象也反映了当前生物信息学的急剧变革，第二代测序技术就像Iphone问世一些，彻底席卷和重新定义了当前生态学研究的方法和手段。而几年前费用昂贵的第二代测序如今已“旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”，于是乎大潮裹挟之下的硕士生博士生们都想出来耍耍，扔个十几万块钱，希望能够轻松的收获几篇文章。 　　科研论文的发表讲究“猎奇性”，大家都喜欢看到新奇的方法和漂亮的图表。但我认为这其实也是当今科研界的弊端之一，讲究创新和手段的先进，而忽视了研究的重要性。以微生物生态学的旗舰杂志ISMEJ为例，最近一年多发表的学术论文里，第二代测序技术已经是寻常方法，所谓第三代的单细胞测序技术也开始出现。研究生物信息学的来自美国科罗拉多的Rob Knight能够作为ISMEJ的高级主编，方法对于微生物生态学研究的重要性可见一斑。 　　前几天读到阿伯丁大学的James Prosser教授在Nature上发