生物信息学第5章课程方案.pptVIP

第五章 分子进化分析;第一节 引 言;第二节 系统发生分析与重建 ;两个序列间的核苷酸差异 对于一种同源的核酸分子来说，它在亲缘关系越近的生物之间差异就越小，相反差异 就越大，即两同源分子分歧的时间与它们之间的序列差异成正比。 同一条祖先序列传衍的两条后裔序列，它们的核苷酸差异随时间而增加。一个简便的描述序列分歧大小的测度是两条后裔序列中不同核苷酸位点的比例。 以下，我们称此估计为核苷酸间的p距离 ; 尽管总核苷酸替代能用公式计算，但我们常常也需要知道两个序列间（即序列和）不同核苷酸对的频率。在每一序列中，有4种不同核苷酸（A,T,C,G），故两条序列相应位点配对时可有16种不同类型的核苷酸对 ; 如果4种核苷酸间的替代是随机发生的，当P很小时，Q约为P的2倍。实际上，通常转换比颠换出现更频繁。因此，P将大于Q/2。当序列间的分歧度低时，转换对颠换的比值（R），常称为转换/颠换比，能用下式估计： 核苷酸替代数的估计常常建立在以下假设基础上，即每个序列的核苷酸频率处于平衡态，且此频率不随时间而变化。当每个序列的核苷酸频率处于平衡时，我们期望表5-1中的、 以及 。因此，可用零假设去检验核苷酸频率是否处于平衡态。;2. 核苷酸替代数的估计 ;[例5.1] 人与猕猴的细胞色素b基因间的核苷酸替代数 ;（二）氨基酸序列进化分析 ; 在图中所给出的例子中，删除所有间隔后可比较的总氨基酸位点数为140。因此，仕此例中。值出现在表中对角线上部，可以很容易地计算出，列于对角线下部。 ; 当所比较的物种亲缘关系很远时（如人和鲤鱼），值较大，而当亲缘关系较近的物种比较时（如人和马），值较小。这说明随着两个物种的分歧时间增大，氨基酸的替代数也将增大，但并不严格与分歧时间成比例。;2. 泊松校正（PC）和 距离 ; 若已知每个位点的氨基酸替代率按分布的话，每个位点氨基酸替代的观察值将按负二项式分布。因此，Uzzell和Corbin研究建议，不同位点的替代率都按分布估计，即 f (r)的分布形状由a决定，a常称为形状参数或参数，而b则称为尺度因子。分布是非常柔性的，有多种多样形状，由形状参数a决定。 ; 当r遵循分布时，就有可能估计出平均每个位点的氨基酸替代数。为此，让我们考虑在时间t时两个序列间某一位点上的氨基酸相同的概率，按公式（5.4）计算。然后，对所有位点的q求均值，为;[例] 血红蛋白链的进化距离和氨基酸替代率的估计;2. 自展法的方差和协方差 ; 自展法的一个优点是，即使没有现成的数学公式可用时，也能算出方差和协方差，而且能比近似的数学公式提供更好的方差和协方差的估计。 ;[例] 由解析法和自展法获得的PC距离的标准误;二、分子时钟假说;（二）相对速率检验 ;（三）内部分枝检验 ;三、系统发生树的基本概念及搜索方法 ;（一）系统发育树的种类;3. 期望树与现实树;（二）基于距离法构建系统发生树; 设物种i和j之间的距离为dij，树上物种i到j间通路的枝长和为dij。LS方法对所有独立的i和j对求距离差的平方（dij—dij）的最小值，使得这棵树与距离之间的拟合尽可能地近。 ;;（三）基于字母特征构建进化树;（四）用于系统发育重建的距离测度 ;第三节 核苷酸和蛋白质的适应性进化 ;二、基因的适应性进化 ;2. Fu和Li的D检验与Fay和Wu的H检验 ;3. McDonald-Kreitman检验和选择强度估计 ;4. Hudson-Kreitman-Aquade检验 ;（二）适应性进化的基因 ;第四节 分子进化与比较基因组学 ;（一）基因组测序计划 ;二、病毒基因组分析 ;SARS流行发生重构;三、原核生物基因组比较 ;（三）原核生物基因组比较数据库;MUMmer输出结果 ;四、真核生物基因组进化分析 ;第五节 生物信息学与分子进化 ;（一）网络中的蛋白质个体进化 ;（二）网络中的蛋白互作对进化 ;（三）网络中的模体进化 ;（四）网络中的模块进化 ;（五）网络的整体进化 ;二、转录因子和miRNA的进化 ;（二） Trans因子的进化 ;（三） Cis元件的进化 ;（四）进化率的问题 ;三 代谢网络进化分析 ; 图中是Proteobacteria在其分系统中模块得分的标准差：这