6蛋白组相关数据库及使用总汇.ppt

蛋白质组相关数据库;第一节 蛋白质序列数据库;除了蛋白质序列数据之外，PIR还包含以下信息： (1)蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源； (2)关于原始数据的参考文献； (3)蛋白质功能和蛋白质的一般特征，包括基因表达、翻译后处理、活化等； (4)序列中相关的位点、功能区域。;;PIR提供三种类型的检索服务: 一是基于文本的交互式查询， 用户通过关键字进行数据查询。 二是标准的序列相似性搜索， 包括BLAST、FastA等。 三是结合序列相似性、注释信息 和蛋白质家族信息的高级搜索， 包括按注释分类的相似性搜索、 结构域搜索等。;2、SWISS-PROT ;（1）注释 在SWISS-PROT中，数据分为核心数据和注释两大类。 核心数据包括： 序列数据、参考文献、分类信息（蛋白质生物来源的描述） 注释包括： （A)蛋白质的功能描述； (B)翻译后修饰； (C)域和功能位点，如钙结合区域、ATP结合位点等； (D)蛋白质的二级结构； (E)蛋白质的四级结构，如同构二聚体、异构三聚体等； (F)与其它蛋白质的相似性； (G)由于缺乏该蛋白质而引起的疾病； (H)序列的矛盾、变化等。;（2）最小冗余; 提交序列数据 （a）编辑电子表格 （b) 利用Authorin程序 （c）WWW服务器 使用SWISS-PROT （a）CD-ROM形式 （b）ftp服务器 （c）Gopher服务器 （d）WWW服务器（SRS） 与序列相关的操作 （a）序列查询 （b）搜索同源蛋白质序列 ;TrEMBL (http://www.ebi.ac.uk/trembl/index.html) 是与SWISS-PROT相关的一个数据库。 包含从EMBL核酸数据库中根据编码序列(CDS)翻译而得到的蛋白质序列，并且这些序列尚未集成到SWISS-PROT数据库中。 TrEMBL有两个部分： （1）SP-TrEMBL(SWISS-PROT TrEMBL) 包含最终将要集成到SWISS-PROT的数据，所有的SP-TrEMBL 序列都已被赋予SWISS-PROT的 登录号。 （2）REM-TrEMBL(REMaining TrEMBL) 包括所有不准备放入SWISS-PROT的数据，因此这部分数据都没有登录号。 ; 包括： Swiss-Prot TrEMBL PIR  用户可以通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜索数据库，也可以直接通过FTP 下载数据。; UniProt包含3个部分： （1）UniProt Knowledgebase（UniProt） 蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心 （2）UniProt Non-redundant Reference（UniRef）数据库 将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中 以便提高搜索速度； （3）UniProt Archive（UniParc） 资源库，记录所有蛋白质序列的历史。 ;How to search? ;NCBI Homepage;Genbank - Protein Homepage;Protein – AGGF1;Protein – development;Protein – Limit;Protein – development - limited;Protein - 其他特别主题 (Advanced);Protein - 其他特别主题;Protein - 其他特别主题 – 搜索结果;Protein – 某一蛋白信息;Protein – 某一蛋白信息;Protein – 某一蛋白信息;Protein – 某一蛋白信息;Protein – 某一蛋白信息 – FASTA格式;;CDD – Conserved Domain Database;CDD – transferrin;CDD – transferrin;CDD – CD Search;CDD – CD Search – How to use; 通过SRS从EBI中获取蛋白质序列信息 ;SRS开始页面 ;SRS快速文本检索窗口 ;SRS检索结果页面显示的检索结果 ;SRS蛋白质记录详细内容页面 ;SRS蛋白质序列显示窗口 ; SRS标准检索页面 ;SRS标准检索页面检索基因名为“KRAS”蛋白序列输入示意图 ;SRS标准检索结果输出页面 ;第二节 生物大分子结构数据库;一种是显式序列信息（explicit sequence） 在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一