DNA序列测定与比对技术方案.pptxVIP

第十七章 DNA序列测定及比对;第一节 测序原理;;注意： 1、胶放射自显影后读序列，变性序列胶浓度20％左右PAGE 2、胶上读出序列为测序链的3’→5’方向 3、引物标记;;循环测序法： 与PCR原理相结合，反复进行“热变性—引物退火—DNA延伸”等步骤;2、DNA自动测序;DNA的测序仪示意图;多色荧光标记 毛细管电泳 ;一个样本，1个反应。反应中包含分别带4色荧光标记的ddNTP(终止子);一个样本，4个反应。4个反应中引物序列相同，但分别标记有不同颜色的荧光。;DNA自动测序结果举例;第三节 DNA序列的同源比对;2、Blast——核酸、蛋白序列比对工具;;2、各种BLAST介绍;fasta格式：;② MegaBlast 主要用来鉴定一段新的核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片段的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因，?速度快。 ③ Seach for short，nearly exact sequences（近似的短序列检索） 对短序列进行检索;（2）Protein Blast;③ PHI-Blast（pattern hit iterative Blast，模型位置重复Blast） 以常规的表达模型（motif）为特别位置进行检索，找出与待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。 The present PHI-