第5章蛋白质的三维结构技巧.ppt

第5章 蛋白质的三维结构;5.1 研究蛋白质构象的方法 5.2 稳定蛋白质三维结构的作用力 5.3 多肽主链折叠的空间限制 5.4 二级结构：多肽链折叠的规则方式 5.5 纤维状蛋白质 5.6 超二级结构和结构域 5.7 球状蛋白质与三级结构 5.9 蛋白质折叠和结构预测 5.10 亚基缔合和四级结构;*;蛋白质从伸展的多肽链形成其特定的立体结构的过程叫折叠（folding）。 蛋白质的天然折叠结构决定于三个因素： 1）与溶剂分子（一般是水）的相互作用 2）溶剂的pH和离子组成 3）蛋白质的氨基酸序列 ; 5.1 研究蛋白质构象的方法 5.1.1 X射线衍生法－－晶体 5.1.2紫外光差谱 5.1. 2 荧光和荧光偏振 液体 5.1. 3 圆二色性 ;5.2 稳定蛋白质三维结构的作用力 Forces stabilizing Protein 3-dimentional structure ;共价键;5.2.1 氢键 Hydrogen bonds;;*;5.2.2范德华力van der Waals force;效应;疏水作用 非极性分子进入水中，有聚集在一起形成最小疏水面积的趋势，保持这些非极性分子聚集在一起的作用则称为疏水作用。;*;疏水作用的本质; 5.2.4 盐键 ( Salt bridge, Ionic interaction);Ionic interactions;*;Disulfide bond;*;;蛋白质中几种键的键能p201;5.3 多肽主链折叠的空间限制;肽键;肽键具有局部双键性质，其键长仅1.33?（1?=10-8 cm），比一般的C-N单键（1.45?）短。因此肽键不能旋转，具有反式（trαns）和顺式（cis）二种构型： ? ;5.3.2 酰胺平面与α-碳原子的二面角（φ和ψ） 因为肽键不能自由旋转，所以肽键的四个原子和与之相连的两个α碳原子共处一个肽平面或称为酰胺平面。 肽链可看作由一系列刚性的肽平面通过α碳原子连接起来的长链，主链的构象由肽平面之间的角度决定。; The Peptide Bond Is Rigid and Planar; 主链上只有α碳原子连接的两个键是单键，可自由旋转绕Cα-N旋转的-?角绕Cα-C旋转的?角这两个角称为二面角; ?和?取值范围是正负180度 从C?沿键轴方向观察，顺时针旋转的?和?角度为正值，逆时针为负值。;多肽主链折叠的空间限制205;Ramachandran根据蛋白质中非共价键合原子间的最小接触距离，确定了哪些成对二面角（?和?）所规定的两个相邻肽单位的构象是允许的，哪些是不允许的，并且以?为横坐标，以?为纵坐标，在坐标图上标出，该坐标图称拉氏构象图。 ;⑴ 深蓝色区域：允许区； ⑵ 浅蓝色区域：不完全允许区； ⑶ 灰色区域：不允许区。 ; 拉氏图不仅对蛋白质的构象研究起到了简化作用，对于判断所得到的蛋白质结构模型的正误也有意义。 实际得到的许多蛋白质的三维结构证实了拉氏图是基本正确的。;5.4 二级结构：多肽链折叠的规则方式 Secondary structure :The common regular folding patterns of the polypeptide backbone.;Protein Secondary structure;5.4.1 ??-Helix α螺旋是蛋白质中最常见、最典型、含量最丰富的二级结构元件。;*;;?-helix ;α螺旋的结构的要点207 每圈螺旋有3.6个氨基酸残基 每个残基绕轴旋转100°，沿轴上升0.15nm 螺旋一周，沿轴上升的距离即螺距为0.54nm, 螺旋的直径约为0.5nm 相邻螺圈之间形成氢键，氢键的取向几乎与螺旋轴平行。 每个氨基酸残基的-CO基的氧与前面第四个氨基酸残基上的-NH基的氢形成氢键。 ;α螺旋由氢键构成一个封闭环，其中包括三个残基，共13个原子， 3.613—螺旋;;α螺旋相当于在N—末端 积累了部分负电荷，在 C—末端积累了部分正电荷 ; α螺旋的手性;与它的氨基酸组成和序列有极大的关系: 侧链R-基团所带的电荷。如多聚赖氨酸，不能形成； R-基团的大小：太大影响α-螺旋的形成，如多聚亮氨酸； 脯氨酸和羟脯氨酸，不能形成链内氢键，故多肽链中只要出现脯氨酸螺旋就被中断，产生一个结节。 ;5.4.2 ?折叠片（?-pleated sheet）;?折叠片（?-pleated sheet）;?折叠片有两种类型。一种为平行式，即所有肽链的N-端都在同一边。另一种为反平行式，即相邻两条肽链的方向相反。 反平行?折叠片较稳定，重复单位为0.7 nm，即每个氨基酸的长度为0.35nm; 平行?-折叠片不稳定，重复单位为0.65 nm。;;自然界的蛋白质