基因注释与功能分类概述.pptVIP

;背景 随着后基因组(post-genomics)时代的来临，基因组学的研究重心开始从阐明所有遗传信息转移到在整体分子水平对功能进行研究。这种转变的一个重要标志是产生了功能基因组学（functional genomics）。 任务 功能基因组学的主要任务之一是进行基因组功能注释（Genome annotation），了解基因的功能，认识基因与疾病的关系，掌握基因的产物及其在生命活动中的作用等。 意义 快速有效的基因注释对进一步识别基因，研究基因的表达调控机制，研究基因在生物体代谢途径中的地位，分析基因、基因产物之间的相互作用关系，预测和发现蛋白质功能，揭示生命的起源和进化等具有重要的意义。 ;(Gene Annotation Database) 基因注释数据库产生的原因 一、研究人员已经掌握了大量的全基因组数据，同时关于基因、基因产物以及生物学通路的数据也越来越多，解释生物学实验的结果，尤其从基因组角度，需要系统的方法。 二、在基因组范围内描述蛋白质功能十分复杂，最好的工具就是计算机程序，提供结构化的标准的生物学模型，以便计算机程序进行分析，成为从整体水平系统研究基因及其产物的一项基本需求。;基因本体数据库是GO组织（Gene Ontology Consortium）在2000年构建的一个结构化的标准生物学模型，旨在建立基因及其产物知识的标准词汇体系，涵盖了基因的细胞组分（cellular component）、分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process）。;GO数据库最初收录的基因信息来源于3个模式生物数据库：果蝇、酵母和小鼠，随后相继收录了更多数据，其中包括国际上主要的植物，动物和微生物基因组数据库。 GO术语在多个合作数据库中的统一使用，促进了各类数据库对基因描述的一致性。 ;;从整体上来看GO注释系统是一个有向无环图(Directed Acyclic Graphs),包含三个分支,即: 生物学过程，分子功能和细胞组分。;*;*;*;*;*;*;*;;;;;*;1. 用关键词检索GO数据库 先进入AmiGO的首页。在GO数据库中，每条记录都有一个数据标识号GO:XXXXXX和对应的术语。因此检索时需要知道待查基因的数字标识号或术语，将它们直接输入框中检索即可。如果检索的基因或蛋白质存在别名，可在检索框下勾“gene or proteins”,并在检索框中输入别名检索；“exact match”表示是否完全匹配，可供选择。 检索go term;*;*;*;检索基因或蛋白;以检索神经源性分化因子6（NEUROD6）为例。在检索框中输入“NEUROD6”并勾选“gene and proteins”和“exact match”,运行后所得基因产物检索结果如图所示。;;;;;;2. 用序列检索GO数据库 对于未知基因名的序列，可以用序列直接检索GO 数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”。 界面风格类似于其他数据库BLAST搜索的网页，在检索框中铁如氨基酸或核酸序列，网页能自动识别并相应地做BLASTP或BLASTX和数据库中的序列比对。 这里以检索RPIA基因的序列为例，如图所示。;mltlpfdesv vmpesqmcrk farqcedqkq ikkpesfpkq vvlrgksikr apgeetekee;;;;1. 简介 京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG) 是系统分析基因功能、基因组信息的数据库，它整合了基因组学、生物化学以及系统功能组学的信息，有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。 KEGG提供的整合代谢途径查询十分出色，包括碳水化合物、核苷酸、氨基酸等代谢及有机物的生物降解，不仅提供了所有可能的代谢途径，还对催化各步反应的酶进行了全面的注解，包含其氨基酸序列的链接等。 此外，KEGG还提供基于Java的图形工具访问基因组图谱、比较基因组图谱和操作表达图谱，以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具。因此，KEGG数据库是进行生物体内代谢分析、代谢网络分析等研究的强有力工具之一。;;;; KEGG通常被看作是生物系统的计算机表示，它囊括了生物系统中的各个对象以对象之间的关系。在分子层面、细胞层面、组织层面都可以对数据库进行检索。每个数据库中的检索条目按照一定规律被赋予一个检索号，也就是ID。表中列出了KEGG的13个核心数据库的检索号。;;;;;;;;;物种特异的pathway;;Color coding The pathway map without coloring is the original version that is m