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基因组作图 ;;为何要绘制遗传图与物理图？; 应用界标或遗传标记对基因组进行精细的划分，进而标示出DNA的碱基序列或基因排列的工作。 主要有遗传图、物理图、序列图、基因图。;遗传标记 是DNA水平上绘制现代遗传图谱的主要路标（landmark)。; 采用遗传分析的方法将基因或其它DNA序列标定在染色体上，得到的线性排列图称为遗传连锁图，简称遗传图。;遗传标记的类型;一、 遗传图谱（genetic map）; 连锁分析是遗传作图的基础。 ; 基因间交换（去连锁）的概率与它们在染色体上的距离成正比例。因而重组频率是衡量两个基因间距离的单位。;有性杂交实验：小鼠、果蝇等 系谱分析：人、多年生植物 DNA转移：不发生减数分裂的细菌等;一、 遗传图谱（genetic map）;一、 遗传图谱（genetic map）;一、 遗传图谱（genetic map）;表型; ;一、 遗传图谱（genetic map）;基因转移在具有野生型等位基因的供体品系与具有隐性等位基因的受体品系之间进行，根据受体细胞是否获得基因指令的生化功能来监测转移的DNA是否进入受体细胞。 接合：根据野生型基因进入受体的时间表，可以确定基因所在的位置。 转导及转化：依据所研究的基因是否同时出现在受体细胞中，紧密连锁的基因总是有最高的机率被同时转移。; 遗传图的偏离 造成遗传图偏离的原因;果蝇连锁图;一、 遗传图谱（genetic map）;二、 物理图谱（physical map）;分别率有限。人类只能研究少数减数分裂事件，不能获得大量子代个体。 覆盖面较低。经典遗传学认为，交换是随机发生的，但基因组中有些区域是重组热点；倒位、重复等染色体结构变异会限制交换重组 遗传标记的排列有时会出现差错。;;二、 物理图谱（physical map）;二、 物理图谱（physical map）;对DNA进行不完全酶切，产生部分重叠的片段。 可根据重叠顺序的相对位置将各个片段首尾连接，构成连续顺序图。 以连续的重叠群为基本框架，通过遗传标记将重叠群排列于染色体上。;A B;　①完全降解：获得完全酶切片段的数目和大小的图谱。 　②部分降解：避免所有切口断裂的完全降解发生。部分酶解产物同样进行电泳分离及自显影。 ③比较上述二步的自显影图谱,根据片段大小及彼此间的差异即可排出酶切片段在DNA链上的位置。;二、 物理图谱（physical map）;二、 物理图谱（physical map）; 染色体→酵母人工染色体（YAC）重叠群→ 筛选阳性YAC酶切→ cosmid人工染色体重叠群→阳性cosmid酶切→质粒亚克隆→限制酶作图 →计算机分析串联，获得大片段。;;YAC载体是利用酿酒酵母的染色体的复制元件构建的载体。 YAC载体必须含有以下元件：①端粒重复序列（TEL） ②着丝粒（CEN） ③自主复制序列（ARS） ;;cosmid，也称黏粒、柯斯载体，是人工构建的含有λ噬菌体DNA的cos序列和质粒复制子的特殊类型的质粒载体。;质粒（plasmid）;二、 物理图谱（physical map）;二、 物理图谱（physical map）;将一组不同颜色的荧光标记探针与单个变性的染色体杂交，分辨出每种杂交信号，从而测定出各探针序列的相对位置。 探针间的位置关系提供了DNA序列与基因组图谱间的直接联系。 ;二、 物理图谱（physical map）;二、 物理图谱（physical map）; ;二、 物理图谱（physical map）;二、 物理图谱（physical map）;两个STS出现在同一片段的机会取决于他们在基因组中的距离，彼此靠的越近，分离的几率越小，彼此相隔越远，分离的几率越大。 两个STS之间相对距离的估算与连锁分析的原理一样，它们之间的图距根据它们的分离频率来计算。;二、 物理图谱（physical map）;二、 物理图谱（physical map）; 根据单拷贝的DNA片段两端的序列设计引物，PCR扩增基因组DNA，产生几百bp的特异序列，杂交分析两个标记的分离频率，确定图距。 酶切和部分酶切的制作重叠DNA片段。 分析两个STS位点共存于一个片段的概率（位置越近，共存机会越大），计算STS位点的距离（分离率），绘制图谱。;;①基因组物理图谱是DNA顺序测定的基础, 它是测序工作的第一步。 ②为基因的定位、克隆与基因之间的相互关系分析提供了有效的途径。;三、 基因组序列图（sequence map）;将大片段DNA用机械方法随机切割成2Kb左右的小片段； 把这些DNA片段装入适当载体，建立克隆文库； 从中挑取克隆进行测序； 最后通过克隆片段的重叠序列组装成大片段D