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第六章 PCR技术;一、PCR的原理 ;PCR技术的基本原理：类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成：①模板DNA的变性：模板DNA经加热至93℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备；②模板DNA与引物的退火(复性)：模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA单链的互补序列配对结合；　　;③引物的延伸：DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链。 重复循环变性--退火--延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2～4分钟， 2～3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。;PCR的反应动力学： PCR的三个反应步骤反复进行，使DNA扩增量呈指数上升。反应最终的DNA 扩增量可用Y＝(1＋X)n计算。Y代表DNA片段扩增后的拷贝数，X表示平(Y)均每次的扩增效率，n代表循环次数。平均扩增效率的理论值为100%，但在实际反应中平均效率达不到理论值。 反应初期，靶序列DNA片段的增加呈指数形式，随着PCR产物的逐渐积累，被扩增的DNA 片段不再呈指数增加，而进入线性增长期或静止期， 即出现“停滞效应” 。;扩增30个循环即n=30时，若X=100%，则y=230=1073741824(109)；而若X=80%时，则y=1.8306(107)。由此可见，其扩增的倍数是巨大的，将扩增产物进行电泳，经溴化乙锭染色，在紫外灶照射下（254nm）一般都可见到DNA的特异扩增区带。 ;PCR扩增产物：可分为长产物片段和短产物片段两部分。短产物片段的长度严格地限定在两个引物链5‘端之间，是需要扩增的特定片段。 短产物片段和长产物片段是由于引物所结合的模板不一样而形成的，以一个原始模板为例，在第一个反应周期中， 以两条互补的DNA为模板，引物是从3‘端开始延伸， 其5’端是固定的，3‘ 端则没有固定的止点，长短不一，这就是“长产物片段”。进入第二周???后，引物除与原始模板结合外，还要同新合成的链(即“长产物片段”)结合。引物在与新链结合时， 由于新链模板的5’端序列是固定的， 这就等于这次延伸的片段3‘端被固定了止点， 保证了新片段的起点和止点都限定于引物扩增序列以内、形成长短一致的“短产物片段”。不难看出“短产物片段”是按指数倍数增加， 而“长产物片段”则以算术倍数增加， 几乎可以忽略不计， 这使得PCR的反应产物不需要再纯化，就能保证足够纯DNA片段供分析。 ;二、PCR的反应步骤： PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成，其中影响扩增结果的步骤是退火，特别是退火的温度与时间。;三、耐热DNA聚合酶的特性 Taq DNA polymerase Taq DNA聚合酶是从一种水生栖热菌(Thermusaquaticus)yT1株分离提取的，yT是 一种嗜热真菌，能在70～75℃生长。该菌是1969年从美国黄石国家森林公园火山温泉中分离的。该酶基因全长2496个碱基，编码832个氨基酸，酶蛋白分子为 94KDa。 （1）热稳定性 在PCR循环的高温条件下仍能保持较高的活性.在92.5℃、95℃ 、97.5℃时，PCR混合物中的Taq DNA聚合酶分别经130min，40min和5～6min后，仍可 保持50%的活性。 实验表明：PCR反应时变性温度为95℃～20sec，50个循环后，Taq DNA聚合酶仍有65%的活性。 Taq DNA聚合酶的热稳定性是该酶用于PCR反应的前提条 件，也是PCR反应能迅速发展和广泛应用的原因.;（2）5’→3’聚合酶 活性，无3’→5’外切酶活性 （3）保真性：保真性的一个通用标准是错配率，错配率越低保真性越好。普通Taq酶的错配率在2-5X10-5碱基/循环数 突变类型：A 碱基替换；B 移码突变 （4） Mg2＋ 依赖性酶，该酶的催化活性对Mg2 浓度非常敏感。 （5） Taq DNA聚合酶还具有逆转录活性， 其作用于类似逆转录酶.此活性温度一般为65～68℃，有Mn2＋ 存在时，其逆转录活性 更高;;四、影响PCR产量及准确性的因素 1、酶的浓度： 常用范围为1～4U/100μl。由于DNA模板的不同和引物不同，以及其它条件的差异，多聚酶的用量亦有差异，酶量过多会导致非特异产物的增加。酶量低，扩增产物