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第四章 重组和转座;第一节 重组的分类;同源性重组可以发生在两条同源DNA上的任何位点;;位点特异性重组发生在两个特定位点之间。重组DNA的其它区域不具有同源性;;;第二节 同源重组;一、Holliday连接： 在同源染色体的相同位点产生切口 两条染色体的DNA链发生交叉 切口封闭，形成holliday junction(或chi结构) Branch migration（分枝迁移） 在两对同源链的其中任意一对上产生切口，拆分中间体 ;二、Rec BCD途径 －同源重组的酶学机制;The RecBCD complex has nuclease and helicases activities. It binds to DNA downstream of a chi sequence, unwinds the duplex, and degrades one strand from 3’ –5‘ as it moves to the chi site. The chi site triggers loss of the RecD subunit and nuclease activity. it continues to function as a helicase, now using only the RecB subunit to drive translocation, at about half the previous speed ;RuvA可识别Holliday连接的结构；RuvB是一种ATPase，它可发动迁移反应。右图表示复合体的功能。 RuvA结合在交换点上的所有4条链上。RuvB是六聚体，它围绕在交换点上游的每一条DNA双链的周围。 ruvC编码一个可特异识别Hollidy分枝结构的内切酶，该酶可切开Holliday 连接体，解离重组中间体。;三、基因转换：; Meselson-Radding model;第三节 位点特异性重组; 细菌的attl位点称为att B，其序列的成份是BOB′，在噬菌体上的att位点，称为att P，含有POP′。“O”序列是att B和att P共有的，被称为核心（core）序列，长15bp，重组就发生在此序列上。两侧序列B，B′和P，P′是作为臂（arms）；臂序列各不相同 在att位点的整合和切离并不涉及反应序列的同源部分。整合需识别att P和att B；而切离时需要att L和att R。 整合和切离这两个反应所依赖的蛋白不完全相同。整合（att B ×att P）反应需要噬菌体int基因的产物和宿主的整合因子（integration host factor,IHF）。切离（att L × att R）反应需要噬菌体Xis基因的产物以及Int和IHF蛋白的参与。两个反应都需要Int和IHF，而Xis在控制方向上起到重要的作用。它是切离所需要的，对整合起抑制作用。;λ整合通常是通过单链交换而不是“一致性剪切”。 Int蛋白解离Hollidy 连接，它能负责剪切和连接。 Xis在控制方向上起???重要的作用。它是切离所需要的，对整合起抑制作用。;; 第四节 转座（transposition）一、原核转座子的类型 ;;?2.复合转座子 ： 复合转座子含有一个中心序列和位于两侧的臂（arm）。 除了和自身转座有关的基因外，中心序列含有抗药性基因等遗传信息。 复合转座子两端的臂由IS序列组成。有的二侧组件相同（如Tn903），有的不同（如Tn10）。有的方向相同（如Tn9），有的方向相反（如Tn903，10，5）。有的皆有功能（如Tn903，10），有的仅右侧组件有功能 ;;3.Tn A家族:; 转座子插入到DNA上新的位点，首先交错切开靶DNA，再将转座子连接到靶DNA的凸出单链上，最后填补空缺完成转座。 ???? 使用参差不齐的末端是各种转座子的共同特点;根据转座子的机制，转座可分成三种不同的类型 ：;复制型转座; ?2． 非复制型转 （nonreplicative transposition） ? 这类转座因子直接从原位点移到靶位点,同时在供体留下产生一个双链断裂的位点。这种类型的机制只需要转座酶。这个双链断裂位点需要修复系统的识别和修复，否则将是致命的。 ;?3．保守转座（conservative tranposition） Conservative transposition involves direct movement with no loss of nucleotide bonds ? 保守转座的转座因子从供体位点上切离，插入到靶位点上，供体位点恢复原状。这种因子的转座酶