华大基因讲座资料.ppt

基于新一代测序技术的 基因组学研究和系统育种策略;技术是科学发现与产业发展的源动力;;Illumina Solexa Flowcell;;;;NCBI数据的变化;新一代测序技术正在形成新的产业革命;传统分子育种的两条思路;新的系统育种策略; ; ;部分案例;中国农业科学院蔬菜花卉研究所 Institute of Vegetables and Flowers Chinese Academy of Agricultural Sciences;1 全基因组从头测序的应用;Data analysis Tools;2 基因组重测序的应用;SNP的检测;测10X深度, 覆盖95%的基因组 9311品系SNP的最低频率为1.5-2/kb,共获得80万SNP. 日本晴(粳稻)品系SNP的最低频率为3/kb,获得100万SNP.;? 水稻等栽培植物的起源模式和驯化的群体遗传学基础 利用多位点核基因序列，结合叶绿体DNA等标记，研究水稻和重要栽 培植物（茄子、茭白和香蕉）的起源地和起源时间； 探讨其野生近缘类群中的遗传变异和群体遗传结构； 探讨栽培植物驯化过程中的群体遗传动态和人工选择的后果 ? 重要家养动物的起源和驯化 利用线粒体全基因组、Y(Z)染色体以及核基因，阐明家鸡、猪、马、牦牛、黄牛、水牛、绵羊和山羊等家养动物的遗传多样性及群体分化，揭示其起源地、驯化时间及迁移分化模式； 探讨驯化过程中的创群者数量及其地理分布； 发展新的性染色体和常染色体遗传标记系统，建立家养动物群体基因组学研究方法和技术体系和大数据集的数据分析方法。;;人工选择信号的鉴定 ;Whole genome SNPs;共鉴定出517个可能受人工选择的基因!;E.g. 家蚕重测序; ;华北类型;葫芦科比较基因组;*;Case study-Cloning of the M gene;M;;3 转 录 组 分 析（RNA-Seq）;Total RNA ;De Novo;In one cases;Example II;更多深层次的应用领域;Example I;A schematic representation of cancer-specific alternative gene splicing. ;Transcriptome size estimation on rice;4 数字表达谱（DGE）;基因表达研究进入数字时代;mRNA;通量高1次实验即可得到足够数据;可重复性高;测量准确度高;检测低丰度基因;检测新转录本;检测反义链转录本;;分析内容;表达模式聚类分析;;我们已完成的DGE项目;5 小RNA测序分析;三种主要的小分子RNA;Small RNA: a hotpot;技术路线;分析内容;成功案例;元基因组研究（Metagenomics）; 瓜类???子育种和生物研究的数据资源，含有域的公共和私人用户。;“百千万”基因组计划 100个植物物种基因组：覆盖从单细胞藻类到开花植物的各个进化分支，包含60种最重要的农作物，绘制出每一个基因家族演化的连续过程，从进化角度解读植物的所有重要生命现象。 100个体/亚种变异组：每个物种重测序100个有代表性的个体，揭示植物界主要的遗传变异，为基因克隆、鉴定和农业育种服务。 1000个植物转录组：植物的各个进化分支，包含各种农作物、花卉、果树、牧草，快速获得大批基因，建立分子水平的研究平台。 10000种微生物基因组：细菌和真菌的各个分类分支，绘制出每种微生物演化的连续过程，从进化角度解读微观世界的所有重要生命现象。;基因组学系统研究策略;王经攀 wangjingpan@ 刘兆山 airfree_liu@163.com 谢 谢！