2章蛋白质-2.ppt

第四节 蛋白质的结构;蛋白质分子结构：; 蛋白质的一级结构又称初级结构， 二级结构、三级结构、四级结构的三维空间排列称： 蛋白质的空间结构/高级结构/三维结构或构象。 ;一、蛋白质的一级结构（化学结构）;HPhe-Val-Asn-Gln-His-Leu-Cys-Gly-Ser-His- Leu-Val- Glu- Ala- Leu- Tyr –Leu -Val-Cys-Gly-;原则：将大化小，逐段分析，制成两套肽片段，找出重叠位点，排出肽的前后位置，最后确定蛋白质的完整序列。;阶段一：测序前的准备工作 分离提纯蛋白质，测定蛋白质的分子量 (1). 确定蛋白质不同多肽链的数目 (2). 拆分蛋白质分子的多肽链， 打开蛋白质分子中的二硫键 (3). 分离纯化各自不同的多肽链 (4). 确定各多肽链的氨基酸组成;阶段二：多肽链的测序 (1). 特异性打断多肽链， 产生适合测序大小的肽段 (2). 分离纯化肽段 (3). 确定每一肽段的氨基酸顺序 (4). 采用另一种特异性试剂将??肽链打断, 重复前三步.;阶段三：氨基酸顺序的拼接 (1).利用重叠拼接法拼接氨基酸顺序 (2).确定多肽链之内和之间的二硫键的位置.;（1）末端分析：包括N端分析，C端分析;（1）末端分析：包括N端分析，C端分析 ;4 ) 氨肽酶（amino peptidase, Apase）法 识别氨基端，并从氨基端开始逐个水解;常见问题及处理方法： 经常碰到N-末端残基的氨基被封闭。因此不能与 Edman降解试剂发生作用。 焦谷氨酰化、乙酰化以及某些环状肽。;1) 肼解法 无水肼NH2NH2 100℃ 5-10h。 苯甲醛沉淀氨基酸的酰肼，C端游离氨基酸留在上清中。 Gln、Asn、Cys、Arg不能用此法。;2) 羧肽酶（carboxy peptidase, Cpase）法 ;（2）肽链的拆开和分离 ;二硫键;（3）肽链的部分水解 ;酶解方法;其他酶类;（4）氨基酸序列测定:;用自动序列分析仪测序 仪器原理：Edman法。 1967，液相测序仪； 1971，固相测序仪； 1981，气相测序仪：用Polybrene反应器。;（5）找重叠肽从而推断整个肽链的氨基酸序列 ;肽段拼接成肽链 16肽，Ｎ端H Ｃ端Ｓ;二硫键位置的确定 ; 近年来由于DNA序列的测定发展很快，可将相应于蛋白质的DNA序列测定出来后，推出蛋白质的序列，为蛋白质一级结构的测定带来了新的曙光。 ;质谱法测定（蛋白质组）;二、蛋白质的空间结构（构象、高级结构）;蛋白质分子中所有原子在三维空间的排列分布和肽链的走向。; 早在20世纪30年代，Pauling和Corey就开始有X-射线衍射方法研究了氨基酸和肽的结构，他们得到了重要的结论: ;(1) 肽键的键长介于C-N单键和双键之间，具有部分双键的性质， 不能自由旋转。 ;肽单位(The peptide group); 多肽链的主链由许多酰胺平面组成，平面之间以α碳原子相隔。而Cα-C键和Cα-N键是单键，可以自由旋转，其中Cα-C键旋转的角度称ψ，Cα-N键旋转的角度称φ。ψ和φ这一对两面角决定了相邻两个酰胺平面的相对位置，也就决定了肽链的构象。 ;二面角（The dihedral angles);1. 蛋白质的二级结构;二级结构产生的原因;基本类型;R侧链基团伸向螺旋的外侧。;R侧链对α—螺旋的影响;(2) β-折叠（β-pleated sheet）; 也是pauling等人提出来的，它是与α-螺旋完全不同的一种结构。;β-折叠片中，相邻多肽链平行 或反平行（较稳定）。;（3） β-转角,回折,弯曲 （β-turn, reverse turn, bend）;指蛋白质的多肽链在形成空间构象时经常会出现180度的回折，回折处的结构就称为β-转角。;N—1CH—C;（4）无规卷曲（Random Coil);各种氨基酸对二级结构的贡献程度;2. 超二级结构和结构域;αα：是两个α-螺旋互相缠绕，形成一个左手超螺旋。 ;形成更复杂的结构;βββ;βαβ;结构域;类似的蛋白质结构域; 结构域: 是球状蛋白质的折叠单位。多肽链在超二级结构的基础上进一步绕曲折叠成紧密的近似球行的结构，具有部分生物功能。 对于较大的蛋白质分子或亚基，多肽链往往由两个以上结构域缔合而成三级结构。; 对那些较小的蛋白质分子来说，结构域和三级结构往往是一个意思，也就是说是单结构域的。一般来说，大的蛋白质分子可以由2个或更多个结构域组成。 ;结构域的分类;3. 蛋白质的三级结构;——涉及到多肽链上的所有原子（包括主链和侧链）在三维空间的分布。;三级结构的特点;x-射线衍射分析鲸肌红蛋白，测