4途径工程重点.pptVIP

细胞代谢途径的解析与控制;途径工程;细胞代谢途径的解析与控制;3. 生物合成反应（Biosynthesis Reaction）;4. 产能反应（Fueling Reaction）;基本概念;二、代谢网络结构组成;;代谢流;;三、代谢刚性;; 为了保持细胞内各组份的相对衡定，初级代谢进化为途径控 制的协同调节，如结构单元代谢物、能量物质（ATP）、生物合 成还原力（NADH或NADPH）等分子均按照近似的化学计量比 例合成。 ;四、代谢网络的节点;1. 强刚性节点（Strongly rigid node） ;弱刚性节点（Weakly rigid node） ;;柔性节点（Flexible node）; 在大多数情况下，分支途径的代谢流受所对应的末端代 谢物的反馈抑制调控，节点的流量分割率可以从零变化到满 足合成末端产物需求的水平。 ;五、代谢网络和亚网络;独立型亚网络： 亚网络的主要节点不是以按比例缩合的方式形成产物，改变 任何一个节点上的流量分配就有可能提高产物转化率，但节点的 重要性不同。;S;六、网络应答;七、主要节点刚性评估; 途径工程致力于直接改变代谢分支点上的物质流量比例，以 提高目标产物的产率，因此必须调查影响节点特别是主要节点流 量分配的所有因素。 ;举例：1,6-二磷酸果糖的超量生产;① 主要节点的识别;B 基础代谢中的代谢流量分配;C 理想条件下的代谢流量分配; 酿酒酵母能以某种程度积累甘油，其机制是由于磷酸解酮 酶和丙酮酸脱羧酶的活性不够高，使得磷酸烯醇式丙酮酸和丙 酮酸大量积累，结果本应由乙醇脱氢酶催化的NAD再生改由磷 酸二羟丙酮承担而形成甘油。 ;② 主要节点的刚柔性判断;;Ⅱ 1,6-二磷酸果糖 ;;Ⅲ 磷酸烯醇式丙酮酸 ;③ 1,6-二磷酸果糖超量生产的实现 ;; 由此可见，代谢网络是一个十分复杂的多酶催化反应体系， 仅仅改变其中单一反应的特性，对目标产物的合成影响往往不 会很大。因此要实现某一代谢网络或亚网络产物的超量积累， 必须在认识网络结构特性的基础上，改变主要节点尤其是刚 性节点处的流量分配，使其流量和流向有利于产物积累的分支 代谢途径。 ;八、细胞代谢流的分析与测定;;代谢流分析的作用;Ⅱ 选择途径的辨别;Ⅲ 非测量性胞外物质流量的计算;Ⅳ 产物最大理论得率的确定;对于胞内反应，可用下列方程表示：; 第二项表示由于生物基质生成所引起的代谢物池浓度的下 降。由于途径代谢物在胞内的水平相对较低，浓度下降引起的 变化是非常微小的，该项可忽略不计，即满足代谢物平衡原则， 则：;2. 细胞代谢流的测定;3. 建立可靠性实验数据采取的策略; （2）借助于生物化学研究手段和分子反应动力学原理，精细 调查底物转化为生物基质或代谢产物的反应机制，以求对生物 化学反应直至代谢过程进行更微观的描述。 这种策略提供的数据要比黑箱模型更真实更形象，但对参 数测量范围和方式的要求也更高，同时还需要完备的数学知识 对数据进行有效的分析与利用。;九、代谢途径的组合 ;十、代谢控制分析