第4章-3D构型图-Chem3D2015导论.ppt

第四章 三维构型图的创建-Chem 3D 使用 举例 构建以下分子构型 H2SO4 C6H5OH C10H8 C2H5NO2 CO32- 分子结构优化计算 题1、用MM2方法计算1，2-二氯乙烷处于不同构象时总位阻能的变化，以30°为增量计算总位阻能直到360°为止，记录所有角度和总位阻能数据，列成表格，画出旋转曲线图(用origin)。 例：计算分子的解离能量曲线 计算分子的解离能量曲线 (a) 利用MM2分子力学方法： 分子力学方法计算量小，适合于大体系有机分子的构型优化 显示每轮迭代信息 记录每轮构型(动画显示) 输出每轮结构参数 构型收敛标准 状态栏： 例如：优化(10,0)碳纳米管构型 Chem 3D练习2 题2、用MM2方法比较乙烯醇异构体的稳定性。 (b) 利用Gamess量子化学软件包： 计算方法 基组类型 波函数类型 添加极化/弥散基函数 构型优化方法 体系电荷/自旋多重度 自洽场迭代参数控制 溶剂效应及其模型 MO初始猜测类型 点群及其主轴 内存定义 所计算性质包括： 偶极矩 电子密度 静电势 动能 Lowdin电荷和布居数 Mulliken电荷和布居数 势能 总能量 计算方法选择： HF MP2 DFT GVB MCSCF CI以及CC等 从头算方法 其中从头算方法计算结果可靠，但计算量大；半经验方法计算量小，但精确度较差，仅适合有机分子体系。 MNDO AM1 PM3 半经验方法 例：采用AM1方法研究正丁烷的结构稳定性 -15006.36 Kcal/Mol -15007.43 Kcal/Mol -15006.99 Kcal/Mol -15004.63 Kcal/Mol 0.4 kcal 1.1 kcal 2.4 kcal TS TS 判断顺-2-甲基环己醇分子的最稳定构象是如下结构中的哪一个，为什么？ A B 例： 邻位交叉效应 (5) 分子性质的计算 (a) 采用MM2分子动力学方法研究构型在一定温度下构型的转变 600K 40ps (b) 采用Gammes软件包进行IR、Raman以及NMR光谱的理论模拟和预测 例：正丁烷IR/Raman谱图的AM1计算结果 注：计算性质前构型需先优化过 (c) 分子轨道拓扑图像的绘制 构型优化后，选择Surfaces菜单下的Choose Surface选项： 默认情况下，绘制的是最高占据轨道(HOMO)，可通过Surface菜单下的Select Molecular Orbital的选项来选择所要绘制的分子轨道： LUMO为最低未占据轨道 电子填充到HOMO轨道 例：苯分子的前线分子轨道(HF方法，最小基组) HOMO (简并态) LUMO (简并态) ?键 ?反键 (6) 动画制作 (a) 利用MM2分子 制作3D动画 记录下的为动力学模拟过程中构型的改变情况 (b) Movie菜单来制作绕 轴或键旋转的3D动画 制作后的动画可以保存为avi格式(压缩或非压缩) 1、采用AM1方法研究： 椅式和船式环己烷的稳定性； 当椅式环己烷某个C上的H原子被甲基取代时，比较e键构型和a键构型的稳定性； (3) 当椅式环己烷相邻两个C上的一个H原子分别被甲基取代时，比较ee键构型、ae键构型和aa键构型的稳定性； 给出每个构象的构型图和能量，并得出结论。 Chem 3D练习3 过渡态理论(transition state theory) 该理论认为反应物分子间相互作用的势能是分子间相对位置的函数。 莫尔斯(Morse)公式是对双原子分子最常用的计算势能Ep的经验公式： 式中r0是分子中双原子分子间的平衡核间距,De是势能曲线的井深,a为与分子结构有关的常数. * 双原子分子的莫尔斯势能曲线 当rr0时,有引力,即化学键力。 时的能级为振动基态能级，E0为零点能。 AB双原子分子根据该公式画出的势能曲线如图所示。 当rr0时，有斥力。 D0为把基态分子离解为孤立原子所需的能量，它的值可从光谱数据得到。 * 用Gamess程序 用HF,MP2，DFT-B3LYP三种方法 用6-31G(p)基组 用Morse势函数拟合能量曲线 动画控制菜单：用于动画播放控制以及绕某个轴进行旋转等 动画播放控制 分子绕轴/键旋转 (2) 构型基本操作方法 选择操作 放大、缩小操作 旋转操作 平移操作 对象属性(原子/键/标识)编辑操作 与其它软件的接口(构型的导入与导出) 需要激活建模(building) 工具条后进行 Building工具条说明： 选择按钮 整体平移 旋转 放大/缩小 移动原