生物信息学第5章研讨.pptVIP

2. Fu和Li的D检验与Fay和Wu的H检验 Fu和Li区分了内部突变和外部突变，即分别在系谱树内枝或外枝上发生的突变。 Fay和Wu提出了一种类似的主意并构建了θ的估计值 3. McDonald-Kreitman检验和选择强度估计 McDonald和Kreitman检验所依思想采用了所谓的泊松随机场（Poisson random field）理论，已被扩展到估计度量自然选择强度的参数中。 - 果蝇 Adh 基因中存在沉默突变、置换突变以及多态性位点个数（数据来自 McDonald and Kreitman ， 1991 ） 变化类型 固定差异 多态性 置换（非同义） 7 2 沉默（同义） 17 42 4. Hudson-Kreitman-Aquade检验 Hudson-Kreitman-Aquade检验（即HKA检验），对种内多态性和种间分歧是同一过程的两个阶段这一中性预测进行了检验。 （二）适应性进化的基因 大多数正选择基因可分为以下3类。 第一类包括针对病毒、细菌、真菌和寄生虫攻击的防御机制或免疫作用中的宿主基因，以及与破坏宿主防御机制有关的病毒或病原基因。 第二类主要包括与生殖有关的蛋白质或信息素。