转录组实战讲解第三讲之测序质量评估和reads回贴.pptxVIP

长非编码RNA测序分析实战讲解之测序质量评估和Reads回贴卜德超budechao@中国科学院计算技术研究所2014-12-20概要长非编码RNA测序介绍一个测序实例长非编码RNA分析流程步骤一详解：Reads质量评估步骤二详解：基因组比对附录：运行命令长非编码RNA测序介绍一个测序实例长非编码RNA分析流程步骤一详解：Reads质量评估步骤二详解：基因组比对附录：运行命令长非编码RNA测序长非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs长非编码RNA测序：通过测序技术，获得某个物种或特定细胞在某一生理条件下产生的所有的长非编码RNA想测长非编码RNA，提取RNA的步骤是怎样的？转录组内的RNA转录组RNA，按功能分类：mRNA 非编码RNA（即Non-coding RNA，如 tRNA，rRNAs，microRNAs，piRNAs 和lncRNAs等）转录组内的RNA, 按polyA形态：带polyA的RNA (mRNA和大部分的lncRNA)不带polyA的RNA (小RNA和小部分的lncRNA)?长非编码RNA测序方案一方案二总的RNA(200)总的RNA(200)去掉rRNA后的RNA去掉rRNA后的RNApolyA富集带polyA的RNA不带polyA的RNA测序(mRNA+lncRNA)mRNA测序(mRNA+lncRNA)测序(lncRNA)长非编码RNA测序介绍一个测序实例长非编码RNA分析流程步骤一详解：Reads质量评估步骤二详解：基因组比对附录：运行命令一个测序实例取样：晚期肝癌病人的肝组织(共4个)癌旁组织(N)原发灶(P)转移灶(M)门脉血栓转移灶(V)一组时间序列上的4个点的取样RNA提取和测序参数RNA提取提取带有polyA的所有RNA测序Illumina Hiseq 2000测序文库插入片段长300双端测序 reads长度为100 D-UTP链特异性文库长非编码RNA测序介绍一个测序实例长非编码RNA分析流程步骤一详解：Reads质量评估步骤二详解：基因组比对附录：运行命令转录组分析的通用套路鉴定定量差异功能有多少RNARNA的表达量结构、表达量、比例的变化功能注释测序数据这一堂课关注内容Genome Browser可视化测序评估及低质量过滤Fusions和参考基因组比对Junctions转录本重构长非编码鉴定编码基因表达注释长非编码表达注释编码基因差异(特异)表达长非编码差异表达GO功能显著性富集Pathway显著性富集GO功能显著性富集Pathway显著性富集功能富集网络图功能富集网络图长非编码RNA测序介绍一个测序实例长非编码RNA分析流程步骤一详解：Reads质量评估步骤二详解：基因组比对附录：运行命令测序下机数据拿到共4对这样的测序文件测序输出的两个文件(双端测序数据)：N_R1.fastq@HWI-EAS724_0001:8:32:374:374#0/1GAGCTGTATATGAATAATAGTTCGTTTTTCATTATCCAAGATGGATCGGTATAAAGTCTGCTAAAATAAAGGTACAACG+HWI-EAS724_0001:8:32:374:374#0/1fcfcfggdfggggfggggcggggggggfgggggcgggfWgggggggggfgcggdgcgcggggfacbbb][bgcgggggdN_R2.fastq@HWI-EAS724_0001:8:32:374:374#0/2TACCGTTAATAGCAGTAATATCATAATAGTAATAGCATCATAACGGTAGTCCCATAAAAGTGTGTCAGTAGTAGTAGTA+HWI-EAS724_0001:8:32:374:374#0/2ggggfgggggd_adcggggeggfggeggegf`geececdegggggfegcfegggegggfgac[aced`bd__\_c[[YbFastq文件质量值表示用字符来表示每个碱基的质量值N_R1.fastq@HWI-EAS724_0001:8:32:374:374#0/1GAGCTGTATATGAATAATAGTTCGTTTTTCATTATCCAAGATGGATCGGTATAAAGTCTGCTAAAATAAAGGTACAACG+HWI-EAS724_0001:8:32:374:374#0/1fcfcfggdfggggfggggcggggggggfgggggcgggfWgggggggggfgcggdgcgcggggfacbbb][bgcgggggd字符值--如何计算Q值ASCII码表字符ASCII码值QualityScore错误率f102102-64=38