16基因组学与蛋白质组学技术总结.ppt

第十六章 基因组学与蛋白质组学 Genomics and Proteome 基因组 （Genomics） 指一个生物体、细胞或病毒的全部遗传物质 几个代表物种的基因组大小  美国政府决定于1990年正式启动HGP，预计用 15年时间，投入30亿美元，完成HGP。 由国立卫生研究院和能源部共同组成“人类基因组研究所” 逐渐地，HGP扩展为多国协作计划。参与者包括：英、日、法、德和中国（1993年） 二、人类基因组计划的进展状况（1）截至 1998 年 10 月，完成 1.8 X 108bp，占 计划的 6％。（2）完成一系列模式生物全基因组测定。 这些模式生物全基因组测定的完成有重大理论与现实意义。 （3）DNA 测序技术飞速提高 1998.5.9 J.C. Venter 等宣布，组建商业公司，投入 3 亿美元，3 年内完成。 二000年六月二十六日克林顿宣布 人类基因组草图绘制完成 美国国家人类基因组研究所所长弗朗西斯·柯林斯在介绍情况。 人类基因组草图基本信息 由31.65亿bp组成 含3~3.5万基因 与蛋白质合成有关 的基因占2% 2001 年2月16日 人类基因组“精细图”完成，(99%), 同时发表论文 美国 Science, Vol. 291, No. 5507  英国Nature , Vol.409, p.860 ２００３年４月１４日，人类基因组序列图亦称“完成图”（99.99%），提前绘制成功。 第一节 基因组学 Genomics 一、基因组学 基因组学（Genomics） 阐明基因组的结构、探讨结构与功能的关系以及基因与基因之间相互作用的科学。 包括： 二、结构基因组学 结构基因组（structure genomics） 以生物体全基因组的结构为研究对象，对其进行分区和标记，使之成为比较容易操作的小的结构区域，确定染色体基因组全部DNA序列、各基因所在的位置以及结构与功能的关系，为阐明基因功能奠定基础。 （一）结构基因组主要内容 通过基因作图、序列分析及基因鉴定，建立具有高分辨率的生物遗传图谱、物理图谱、转录图谱和序列图谱。 　１、 遗传图谱（genetic map） 　 指基因或DNA标记在染色体上的相对位置与遗传距离。 cM（基因或DAN片段在染色体交换过程中分离的频率）　　 　 多态性：人的DNA序列上平均每几百个碱基会出现一些变异（variation），并按照孟德尔遗传规律由亲代传给子代，从而在不同个体间表现出不同，因而被称为多态性（Polymorphism）。 第一代多态性标记是RFLP（restriction fragment length polymorphism，限制性片段长度多态性） 第二代多态性标记是短的串联重复序列（short tandem repeats, STR） 包括小卫星DNA和微卫星DNA (microsatellite sequence, MS)，其多态性主要来自重复序列拷贝数的变化 第三代多态性标记是单核苷酸的多态性 （single nucleotide polymorphism，SNP） 遗传图谱的缺陷 分别率有限 人类只能研究少数减数分裂事件，不能获得大量子代个体 测序要求每个标记的间隔小于100kb 实际是599kb 遗传图谱的缺陷 精确性不够 经典遗传学认为，交换是随机发生的 基因组中有些区域是重组热点 倒位、重复等染色体结构变异会限制交换重组 2、物理图 以已知核苷酸序列的DNA片段（序列标签位点，sequence-tagged site,STS）为“路标”，以碱基对作为基本测量单位（图距）的基因组图。 酵母遗传图与物理图比较 3、转录图谱 （transcription map） 以EST（expressed sequence tag ，表达序列标签）为标记，根据转录顺序的位置和距离绘制的图谱。 4、序列图（分子水平的物理图）（sequence map） 序列图是指整个人类基因组的核苷酸序列图，也是最详尽的物理图。1m 既包括可转录序列，也包括非转录序列，是转录序列、调节序列和功能未知序列的总和。 （二）结构基因组研究常用的方法 脉冲场琼脂糖凝胶电泳； 毛细管电泳； 基因芯片技术； 全基因组随即测序 。 基因组测序策略 有了高密度的基因组图谱，就可以开始全基因组测序了 测序的技术飞速发展，现在可以全自动化 测序的策略有两个： 鸟枪法 克隆重叠群法 鸟枪法（shotgun sequencing） 鸟枪法的优缺点 优点：