分子生态学研究方法优缺点比较.docVIP

分析方法 方法类别 原理 优点 缺点 基于16SrDNA的方法 16SrDNA克隆文库 可以用来揭示不同物种的系统进化关系 反映各种微生物种类构成和亲缘关系 工作量大，成本高，不能对目标种群进行原位和实时监测 基于16SrDNA的方法 DGGE 不同的变性剂浓度，解链后电泳速度会急剧下降 DNA片段纯化后可以直接用于测序 分辨率低，被分析的片段不能大于4000bp 基于16SrDNA的方法 TGGE 温度梯度，利用不同序列结构的DNA，双链具有不同的熔点温度Tm 同上 同上 基于16SrDNA的方法 SSCP 长度相同但序列不同的单链DNA具有空间构象上的差异 操作比较简便价格低廉 灵敏度和重现度差，150-400bp最佳的分离效果 基于16SrDNA的方法 ARDRA 16SrDNA序列的差异，限制性核酸内切酶酶切后将得到长度与数量不同的DNA片段 分辨率高 对图谱进行定量化解析和进行群落间的比较都十分困难 基于16SrDNA的方法 T-RFLP PCR扩增中所用引物的一端或两端带有荧光标记 方便快捷分辨率高灵敏度高 复杂群落多样性的低估、影响因素多、无法对微生物定性分析 基于16SrDNA的方法 RISA 核糖体区序列多态性 操作简单、序列多态性丰富 核糖体的拷贝数的不同会产生假阳性 分析方法 方法类别 原理 优点 缺点 分子杂交 核酸探针杂交 DNA的变性、复性及其在复性过程中的碱基配对原则、探针与靶标分子的特异性结合 过程简单 避免PCR偏差 影响杂交分析结果的因素复杂，只能用来检测事先已知其目标基因序列的微生物 分子杂交 FISH 人工合成的荧光或放射性标记探针与微生物基因组杂交 操作简单，可原位检测，检测灵敏度高 只能对特定类群的微生物进行研究 其它分子生物学方法 RFLP 序列差异引起限制性内切酶酶切位点的差异 信息量大重复性高 周期长，过程繁琐 其它分子生物学方法 RAPD 利用随意设计的非特异引物 简单、迅速 重复性低 其它分子生物学方法 ERIC 肠杆菌基因间重复共有序列在不同种属的不同种微生物之间的拷贝数和定位的差异引起两个ERIC之间序列的多态性 结果稳定 重复性好 灵敏度高 PCR反应本身的扩增和偏差可能会产生假阳性，不能对群落中感兴趣的菌进一步研究