基因组学与相关组学介绍.ppt

第二节 后基因组学 一、功能基因组学 功能基因组学是研究基因组中所有基因的功能的科学。它利用基因组学提供的信息和产物，发展和应用新的实验手段，在基因组或系统水平上全面分析基因组中所有基因功能。 研究内容主要包括基因组的表达，蛋白质产物的功能，基因组多样性的研究，基因组功能注释及突变检测。 基因表达谱 细胞在特定的条件下(不同分化阶段、疾病、应激)所表达的基因种类和数量的特定模式。 基因表达谱的研究方法： 基因芯片技术（DNA微阵列） 将大量已知序列的核酸探针分子固定于支持物上后与标记的样品cDNA杂交。杂交信号阳性的探针分子就是在组织或细胞中表达的分子阶段。可以一次性对细胞内多种核酸分子进行检测和分析。 基因表达序列分析 可以快速和详细地分析成千上万个基因。此方法可以全面提供生物体基因表达谱信息，并且有可定量的优势。 基因芯片技术 基因芯片技术主要包括四个基本要点：芯片方阵的构建、样品的制备、生物分子反应和信号的检测。 1、芯片制备，先将玻璃片或硅片进行表面处理，然后使DNA片段按顺序排列在片芯上。 2、样品制备，生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体，可将样品进行生物处理，获取其中的DNA、RNA，并且加以标记，以提高检测的灵敏度。 3、生物分子反应，芯片上的生物分子之间的反应是芯片检测的关键一步。通过选择合适的反应条件使生物分子间反应处于最佳状况中，减少生物分子之间的错配比率。 4、芯片信号检测，常用的芯片信号检测方法是将芯片置入芯片扫描仪中，通过扫描以获得有关生物信息。 基因芯片的测序原理 在一块基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。 基因芯片及信息收集系统 功能基因组的意义 功能基因组内容包括识别和鉴定人类基因组，分析基因的功能，研究基因表达谱。 功能基因组研究具有巨大的应用价值； 在医疗卫生方面，研究成果课用于医药的发现和发生； 致病基因和易感疾病基因的鉴定和克隆，可用于全新原理的诊断治疗和预防； 医生能根据患者的个体遗传信息，设计个体化的药物疗法； 科学家在人体器官和组织重组和再造方面讲取得巨大进步。 二、转录组学 转录组(transcriptome)是指一种生物基因组表达的全部转录产物的总称，包括某一环境条件、某一生命阶段、某一生理或病理(功能)状态下，生命体的细胞或组织所表达的基因种类和水平。与基因组不同，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。而在相同的生长时期及生长环境下，不同组织的转录组也是不同的。 以转录组分析为研究内容的研究领域称为转录组学，即研究细胞在某一功能状态下所含mRNA的类型与拷贝数。 转录组学的研究方法包括基因芯片技术、基因表达系列分析及大规模平行测序系统。 一种以尼龙膜为基质的“cDNA阵列”是至今为止生物信号平行分析最成功的形式 ，用于检测生物样品中基因表达谱的改变 。 三、蛋白质组学 一、蛋白质组、蛋白质组学的概念 蛋白质组(proteome)指一个细胞或一种组织的基因组所表达的全部蛋白质。 蛋白质组学(proteomics)是在整体水平上研究细胞内蛋白质组成及其活动规律的科学。 二、蛋白质组与基因组的比较 蛋白质组与基因组的比较（结果） 蛋白质具有多样性 在转录时，一个基因可以有多种mRNA选择性剪接，而且同一蛋白又可能进行多种形式的翻译后修饰，故一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物。目前估计人类蛋白质数量种类大约在20万到200万之间，远大于人类基因的数量（2.4万～2.5万个）。 蛋白质随时间和空间而动态变化 在个体的不同发育阶段或者细胞的不同活动时期，在不同的外环境或者应激条件下，细胞内产生的蛋白质种类是不一样的。而个体或细胞的基因组则不发生变化。 蛋白质彼此间有着直接的影响 某一种蛋白质功能的实现，通常离不开它与其他蛋白质之间的相互作用。换而言之，不与其他蛋白质发生作用的孤立蛋白质根本就不存在。 蛋白质组学研究技术尚不成熟 目前还没有建立起想人类基因组测序那样高效可行的技术平台。 三、蛋白质组学研究方法 双向电泳：根据蛋白质的两个一级属性：等电点和分子量的特异性，将蛋白质混合物在电荷(等电聚焦)和分子量(变性聚丙酰胺凝胶电泳，SDS)两个水平上进行分离。能同时分辨上千个蛋白质点。蛋白质组研究的发展以双向电泳技术作为核心. 蛋白质芯片是一种高通量的蛋白功能分析技术，可用于蛋白质表达谱分析，研究蛋白质与蛋白质的相互作用，甚至DNA－