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欢迎各位老师及同学！ 香鳞毛蕨的转录组测序 报告人：佟伟霜 2012.01.07 Contents 1.转录组是什么？ 基因芯片技术 —— Microarray 基因表达序列分析技术 —— Serial analysis of gene expression，SAGE 大规模平行测序技术—— Massively parallel signature sequencing，MPSS RNA 测序技术 —— RNA sequencing，RNA-seq 优点： 成本适中，其对较高表达的基因检测比较准确，数据分析软件较多，整个方法较为成熟 缺点： 对低表达基因检测敏感度不够，前期工作基础要求较高，而且很难检测出融合基因转录、多顺反子转录等异常转录产物 RNA cDNA Anchoring enzyme cDNA fragment Ligated with linker cDNA fragment with linker Tagging enzyme Tag Ligation and PCR diTag Anchoring enzyme Concatemers Sequecing Transcriptme 优点： 不需基因序列的信息，能够全局性地检测所有基因的表达水平，可显示基因差异，可获得未知基因特别是那些低拷贝基因 缺点： 文库构建流程长，技术要求高，单条短序列标签所含的基因信息很少，不适于遗传信息缺乏的植物 RNA cDNA Cloned to adaptor vectors cDNA library with adaptors PCR cDNA fragment with adaptors T4 polymerase dGTP ss cDNA fragment with adaptors Load on microbeads and sequncing Transcriptme 优点： 获得更长的短标签，因而精度更高；此外，MPSS 技术特有的微球荧光测序可直接高通量读出序列，简化了测序过程 缺点： 涉及PCR 扩增、克隆等可能会产生碱基偏向性的操作步骤，从而影响转录本的正确识别 2. RNA-Seq ------分类 2. RNA-Seq ------数据分析 SWISS-PROT的网址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/ SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。 COG库的网址是：：/COG 蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成。 KEGG的网址是：：http://www.genome.ad.jp/kegg/ 京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。 NCBI的BLUST网址是： /BLAST/ 3. RNA-Seq能做什么？ -----应用领域 3. RNA-Seq能做什么? ----- 实例（有参考基因组） 3. RNA-Seq能做什么? ----- 实例（有参考基因组） 3. RNA-Seq能做什么? ----- 实例（有参考基因组） 3. RNA-Seq能做什么? ----- 实例（无参考基因组） 通过Pathway显著性富集能确定差异表达基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径。整合香鳞毛蕨药效物质的代谢相关途径及注释到该途径的Unigene，参考该基因的注释情况，以及其在各个样本中的差异表达情况，筛选出共有差异基因171条，其中有已知基因165条，未知基因6条。 另外，由转录组测序获得与CHS类似基因36条，4CL类似基因26，经过进一步不对拼接，设计引物，已分别获得750bp及1000bp序列。 图3 各处理组间差异表达标量图 Fig.3 Differential expression of different treatment group 5. 我们的结果如何？ -----（7）